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- PDB-3q96: B-Raf kinase domain in complex with a tetrahydronaphthalene inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q96
タイトルB-Raf kinase domain in complex with a tetrahydronaphthalene inhibitor
要素Serine/threonine-protein kinase B-raf
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Design / Optimization / Potent / Orally Bioavailable / Tetrahydronaphthalene / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling ...CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / CD4-positive or CD8-positive, alpha-beta T cell lineage commitment / negative regulation of synaptic vesicle exocytosis / Signalling to p38 via RIT and RIN / myeloid progenitor cell differentiation / head morphogenesis / ARMS-mediated activation / endothelial cell apoptotic process / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / negative regulation of fibroblast migration / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / establishment of protein localization to membrane / positive regulation of axonogenesis / regulation of T cell differentiation / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Frs2-mediated activation / positive regulation of axon regeneration / stress fiber assembly / face development / MAP kinase kinase activity / synaptic vesicle exocytosis / somatic stem cell population maintenance / thyroid gland development / MAP kinase kinase kinase activity / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to calcium ion / substrate adhesion-dependent cell spreading / thymus development / animal organ morphogenesis / long-term synaptic potentiation / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cellular response to nerve growth factor stimulus / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / visual learning / response to peptide hormone / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / MAPK cascade / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cellular response to xenobiotic stimulus / T cell receptor signaling pathway / presynapse / T cell differentiation in thymus / regulation of cell population proliferation / cell body / scaffold protein binding / negative regulation of neuron apoptotic process / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / postsynapse / neuron projection / protein phosphorylation / intracellular membrane-bounded organelle / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) ...Raf-like Ras-binding domain / Raf-like Ras-binding / Ras-binding domain (RBD) profile. / Raf-like Ras-binding domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / : / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C1-like domain superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Ubiquitin-like domain superfamily / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0NF / Serine/threonine-protein kinase B-raf
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sintchak, M.D. / Aertgeerts, K. / Yano, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Design and optimization of potent and orally bioavailable tetrahydronaphthalene raf inhibitors.
著者: Gould, A.E. / Adams, R. / Adhikari, S. / Aertgeerts, K. / Afroze, R. / Blackburn, C. / Calderwood, E.F. / Chau, R. / Chouitar, J. / Duffey, M.O. / England, D.B. / Farrer, C. / Forsyth, N. / ...著者: Gould, A.E. / Adams, R. / Adhikari, S. / Aertgeerts, K. / Afroze, R. / Blackburn, C. / Calderwood, E.F. / Chau, R. / Chouitar, J. / Duffey, M.O. / England, D.B. / Farrer, C. / Forsyth, N. / Garcia, K. / Gaulin, J. / Greenspan, P.D. / Guo, R. / Harrison, S.J. / Huang, S.C. / Iartchouk, N. / Janowick, D. / Kim, M.S. / Kulkarni, B. / Langston, S.P. / Liu, J.X. / Ma, L.T. / Menon, S. / Mizutani, H. / Paske, E. / Renou, C.C. / Rezaei, M. / Rowland, R.S. / Sintchak, M.D. / Smith, M.D. / Stroud, S.G. / Tregay, M. / Tian, Y. / Veiby, O.P. / Vos, T.J. / Vyskocil, S. / Williams, J. / Xu, T. / Yang, J.J. / Yano, J. / Zeng, H. / Zhang, D.M. / Zhang, Q. / Galvin, K.M.
履歴
登録2011年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3784
ポリマ－64,3002
非ポリマー1,0772
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6892
ポリマ－32,1501
非ポリマー5391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Serine/threonine-protein kinase B-raf
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6892
ポリマ－32,1501
非ポリマー5391
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.029, 94.029, 165.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase B-raf / Proto-oncogene B-Raf / p94 / v-Raf murine sarcoma viral oncogene homolog B1


分子量: 32150.240 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 446-727 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRAF, BRAF1, RAFB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P15056, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-0NF / (2S)-N-[3-(2-aminopropan-2-yl)-5-(trifluoromethyl)phenyl]-7-[(7-oxo-5,6,7,8-tetrahydro-1,8-naphthyridin-4-yl)oxy]-1,2,3,4-tetrahydronaphthalene-2-carboxamide


分子量: 538.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H29F3N4O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 14.025% PEG 8000, 0.8M NP Lithium Cl, 0.06M Tris base, 0.04M Tris Cl, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→81.73 Å / Num. obs: 14022 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.206 / Χ2: 1.004 / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
3.1-3.156.60.6666810.981100
3.15-3.216.70.5656801.014100
3.21-3.276.60.5476731.01100
3.27-3.346.60.4526941.017100
3.34-3.416.70.4196810.985100
3.41-3.496.60.3466861.002100
3.49-3.586.70.3216831.011100
3.58-3.686.60.2596850.991100
3.68-3.786.70.2416891.025100
3.78-3.916.50.1997000.991100
3.91-4.046.60.1746890.991100
4.04-4.216.60.1656820.97899.9
4.21-4.46.50.1516981.014100
4.4-4.636.50.1417011.011100
4.63-4.926.40.1397061.005100
4.92-5.36.40.1567131.046100
5.3-5.836.30.177101.008100
5.83-6.676.10.1537191.022100
6.67-8.46.10.097410.967100
8.4-505.70.0518111.00399.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→81.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.897 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.835 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.366 / SU ML: 0.376 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.536 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2878 1381 10 %RANDOM
Rwork0.2271 ---
obs0.2332 13851 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 61.34 Å2 / Biso mean: 30.4413 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.95 Å20 Å20 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→81.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4075 0 78 0 4153
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0831.9815760
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0235510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60723.785177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.51515745
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5931524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2637
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4031.52558
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.74724129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6631692
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.1854.51631
LS精密化 シェル解像度: 3.101→3.182 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 90 -
Rwork0.254 831 -
all-921 -
obs--90.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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