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- PDB-1fth: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE ACYL CARRIER PROTEI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fth
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE (3'5'-ADP COMPLEX)
要素ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / Bacterial fatty acid biosynthesis / Acyl carrier synthase / Coenzyme A / structure-based drug design
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chirgadze, N. / Briggs, S. / McAllister, K. / Fischl, A. / Zhao, G.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae acyl carrier protein synthase: an essential enzyme in bacterial fatty acid biosynthesis.
著者: Chirgadze, N.Y. / Briggs, S.L. / McAllister, K.A. / Fischl, A.S. / Zhao, G.
履歴
登録2000年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE
B: ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE
C: ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8905
ポリマ－41,0363
非ポリマー8542
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5410 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area17530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.188, 62.273, 51.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.745, 90.000
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ACYL CARRIER PROTEIN SYNTHASE / E.C.2.7.8.7 / ACPS


分子量: 13678.506 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A2W6, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物 ChemComp-A3P / ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 4.5 at 294K
結晶化
*PLUS
pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
18 mg/mlprotein1drop
210 mM1dropMgCl2
314 mM1dropKCl
420 mMTris-HCl1drop
58-15 %PEG40001reservoir
6200 mMammonium sulfate1reservoir
7100 mMcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. all: 29541 / Num. obs: 29541 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 31.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.268 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. all: 162841 / % possible obs: 100 % / Num. measured all: 304946
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 % / Mean I/σ(I) obs: 3.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNX精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FTE

1fte


解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1457 4.9 %random
Rwork0.238 ---
all-29540 --
obs-29540 98.9 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2714 0 54 214 2982
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.109
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.979
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.758
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.92 Å / Total num. of bins used: 29 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.336 837 -
obs--99 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNX / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 4.9 % / Rfactor obs: 0.238
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.979
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.758
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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