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- PDB-1fse: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS REGULATORY PROTEIN GERE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fse
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BACILLUS SUBTILIS REGULATORY PROTEIN GERE
要素GERE
キーワードTRANSCRIPTION / Helix-turn-helix DNA-binding protein transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Spore germination protein GerE
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Ducros, V.M.-A. / Lewis, R.J. / Verma, C.S. / Dodson, E.J. / Leonard, G. / Turkenburg, J.P. / Murshudov, G.N. / Wilkinson, A.J. / Brannigan, J.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of GerE, the ultimate transcriptional regulator of spore formation in Bacillus subtilis.
著者: Ducros, V.M. / Lewis, R.J. / Verma, C.S. / Dodson, E.J. / Leonard, G. / Turkenburg, J.P. / Murshudov, G.N. / Wilkinson, A.J. / Brannigan, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: Bacillus subtilis regulatory protein GerE
著者: Ducros, V. / Brannigan, J.A. / Lewis, R.J. / Wilkinson, A.J.
履歴
登録2000年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GERE
B: GERE
C: GERE
D: GERE
E: GERE
F: GERE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,27913
ポリマ－51,6186
非ポリマー6617
水5,801322
1
A: GERE
B: GERE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2983
ポリマ－17,2062
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: GERE
F: GERE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4905
ポリマ－17,2062
非ポリマー2843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: GERE
E: GERE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4905
ポリマ－17,2062
非ポリマー2843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area7630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.019, 61.749, 71.743
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細There six monomers in the asymmetric unit arranged as three pairs of dimers (A and B, C and F, D and E)

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要素

#1: タンパク質
GERE


分子量: 8603.060 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: PET26B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11470
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.06 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Peg4000, sodium acetate, lithium or ammonium sulfate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 291 K
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
230 %PEG40001reservoir
30.1 Msodium acetate1reservoir
40.2 Mlithium sulfate1reservoiror ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→15 Å / Num. all: 25472 / Num. obs: 25472 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.11 % / Biso Wilson estimate: 32 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 11.53
反射 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 2.83 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.07 / Num. unique all: 2421 / % possible all: 95.5
反射
*PLUS
Num. obs: 29311 / Num. measured all: 91541
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used Translation, Libration and Screw motion (TLS) approach to refinement
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1492 5 %random
Rwork0.214 ---
obs-29616 99 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3060 0 38 322 3420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0170.022
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d1.562.007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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