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- PDB-1fq0: KDPG ALDOLASE FROM ESCHERICHIA COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fq0
タイトルKDPG ALDOLASE FROM ESCHERICHIA COLI
要素KDPG ALDOLASE
キーワードLYASE / Aldolase / TIM Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


(4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / (4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / Entner-Doudoroff pathway through 6-phosphogluconate / (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / oxo-acid-lyase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase activity / aldehyde-lyase activity ...(4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase / (4S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / Entner-Doudoroff pathway through 6-phosphogluconate / (R,S)-4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase / oxo-acid-lyase activity / 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase activity / oxaloacetate decarboxylase activity / aldehyde-lyase activity / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
KDPG/KHG aldolase, active site 2 / KDPG and KHG aldolases Schiff-base forming residue. / KDPG/KHG aldolase, active site 1 / KDPG and KHG aldolases active site. / KDPG/KHG aldolase / KDPG and KHG aldolase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / KHG/KDPG aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Naismith, J.H.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Directed evolution of a new catalytic site in 2-keto-3-deoxy-6-phosphogluconate aldolase from Escherichia coli.
著者: Wymer, N. / Buchanan, L.V. / Henderson, D. / Mehta, N. / Botting, C.H. / Pocivavsek, L. / Fierke, C.A. / Toone, E.J. / Naismith, J.H.
履歴
登録2000年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
改定 1.42024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KDPG ALDOLASE
B: KDPG ALDOLASE
C: KDPG ALDOLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4916
ポリマ－66,9153
非ポリマー5763
水9,152508
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area25660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.200, 77.790, 146.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 KDPG ALDOLASE


分子量: 22304.951 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET-28B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A955, 2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 508 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 293.5 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: PEG 6000, citric acid, sucrose, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.5K
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Buchanan, L.Vl., (1999) Acta Crystallogr., D55, 1946.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mMTris-HCl1drop
23 mg/mlprotein1drop
34 mMdithiothreitol1drop
420 %PEG60001reservoir
50.075 Mcitric acid1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 148386 / Num. obs: 31186 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 10.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Num. unique all: 1380 / % possible all: 38.7
反射
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / Num. obs: 27601 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.1 % / Num. measured all: 148386 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.26 Å / 最低解像度: 2.37 Å / % possible obs: 80 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.142 / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1559 5 %5%
Rwork0.195 ---
all0.198 31186 --
obs0.195 477520 85.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4698 0 39 508 5245
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.86
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / 最高解像度: 2.1 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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