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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1fnu | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF STREPTOCOCCAL PYROGENIC EXOTOXIN A | ||||||
要素 | EXOTOXIN TYPE A PRECURSOR (ALLELE 1) | ||||||
キーワード | TOXIN (毒素) / superantigen (スーパー抗原) / exotoxin A | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes phage T12 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Earhart, C.A. / Vath, G.M. / Roggiani, M. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000 タイトル: Structure of streptococcal pyrogenic exotoxin A reveals a novel metal cluster. 著者: Earhart, C.A. / Vath, G.M. / Roggiani, M. / Schlievert, P.M. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1fnu.cif.gz | 201.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1fnu.ent.gz | 166.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1fnu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/1fnu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/1fnu | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25862.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Streptococcus pyogenes phage T12 (ファージ) 生物種: Streptococcus pyogenes phage / 株: PHAGE T12 / 参照: UniProt: P62560, UniProt: P0DJY8*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-CD / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.07 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.25 M LiCl, 5-20 mM CdCL2, 4-20% PEG 8000, 50 mM Na acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP PH範囲: 3-7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.034 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.034 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.94 Å / Num. obs: 74721 / % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 10 |
反射 | *PLUS % possible obs: 92 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.94→20 Å / σ(F): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→20 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.223 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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