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- PDB-1fjj: CRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI YBHB PROTEIN, A NEW MEMBER OF THE MAM... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fjj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF E.COLI YBHB PROTEIN, A NEW MEMBER OF THE MAMMALIAN PEBP FAMILY
要素HYPOTHETICAL 17.1 KDA PROTEIN IN MODC-BIOA INTERGENIC REGION
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / PEPB family
機能・相同性
機能・相同性情報


YbhB/YbcL / Phosphatidylethanolamine-binding Protein / PEBP-like / Phosphatidylethanolamine-binding protein / Phosphatidylethanolamine-binding protein / PEBP-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
UPF0098 protein YbhB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.66 Å
データ登録者Serre, L. / Pereira de Jesus, K. / Benedetti, H. / Bureaud, N. / Schoentgen, F. / Zelwer, C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of YBHB and YBCL from Escherichia coli, two bacterial homologues to a Raf kinase inhibitor protein.
著者: Serre, L. / Pereira de Jesus, K. / Zelwer, C. / Bureaud, N. / Schoentgen, F. / Benedetti, H.
履歴
登録2000年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL 17.1 KDA PROTEIN IN MODC-BIOA INTERGENIC REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6482
ポリマ－17,4101
非ポリマー2381
水3,675204
1
A: HYPOTHETICAL 17.1 KDA PROTEIN IN MODC-BIOA INTERGENIC REGION
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL 17.1 KDA PROTEIN IN MODC-BIOA INTERGENIC REGION
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2964
ポリマ－34,8192
非ポリマー4772
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)85.470, 85.470, 73.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-410-

HOH

詳細the biological assembly is a dimer constructed from chain A and a symmetry partner generated by a crystallography two-fold (the dimer has been suggested by gel filtration results)

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL 17.1 KDA PROTEIN IN MODC-BIOA INTERGENIC REGION


分子量: 17409.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET14 / 参照: UniProt: P12994
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Sodium citrate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
pH: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
32 mMdithiothreitol1drop
41.25-1.40 Mtrisodium citrate dihydrate1reservoir
50.1 MHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97947
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.66→25 Å / Num. all: 165834 / Num. obs: 165834 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 20.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.66→1.75 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique all: 4024 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 76.3
反射
*PLUS
最低解像度: 25 Å / Num. obs: 35266 / Num. measured all: 165834 / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.66→25 Å / SU B: 1.3209 / SU ML: 0.04432 / 交差検証法: FREE-R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.07339 / ESU R Free: 0.07309 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19681 3522 10 %RANDOM
Rwork0.17978 ---
all-36545 --
obs-31740 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.66→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1214 0 15 204 1433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0260.04
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0440.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02130.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1710.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2310.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.0880.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd00.3
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor10.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor11.415
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.220
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.0232
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.5553
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.8332
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.7293
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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