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- PDB-1fj0: STRUCTURE DETERMINATION OF THE FERRICYTOCHROME C2 FROM RHODOPSEUD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fj0
タイトルSTRUCTURE DETERMINATION OF THE FERRICYTOCHROME C2 FROM RHODOPSEUDOMONAS PALUSTRIS
要素CYTOCHROME C2
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON CARRIER / HEME PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


photosynthesis / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class IA/ IB / Cytochrome c / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c2
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Geremia, S.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Cleavage of the iron-methionine bond in c-type cytochromes: Crystal structure of oxidized and reduced cytochrome c(2) from Rhodopseudomonas palustris and its ammonia complex.
著者: Geremia, S. / Garau, G. / Vaccari, L. / Sgarra, R. / Viezzoli, M.S. / Calligaris, M. / Randaccio, L.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Two pH-Dependent Forms of Cytochrome C2 from Rhodopseudomonas Palustris
著者: Garau, G. / Geremia, S. / Randaccio, L. / Vaccari, L. / Viezzoli, M.S.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1979
タイトル: Cytochrome C2 Sequence Variation Among the Recognised Species of Purple Nonsulphur Photosynthetic Bacteria
著者: Ambler, R.P. / Daniel, M. / Hermoso, J. / Meyer, T.E. / Bartsch, R.G. / Kamen, M.D.
#3: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Refined Crystal Structure of Ferrocytochrome C2 From Rhodopseudomonas Viridis at 1.6 A Resolution
著者: Sogabe, S. / Miki, K.
履歴
登録2000年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.02019年12月25日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年1月22日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id
改定 3.12023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 3.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C2
B: CYTOCHROME C2
C: CYTOCHROME C2
D: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,50611
ポリマ－48,7484
非ポリマー2,7587
水11,764653
1
A: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9023
ポリマ－12,1871
非ポリマー7152
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8052
ポリマ－12,1871
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9944
ポリマ－12,1871
非ポリマー8073
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CYTOCHROME C2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,8052
ポリマ－12,1871
非ポリマー6191
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.310, 71.530, 66.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
CYTOCHROME C2


分子量: 12186.983 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)
株: 42 OL / 参照: UniProt: P00091
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: ammonium sulfate, ferricyanide, pH 4.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K
結晶化
*PLUS
pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
19.0 mg/mlprotein1droppH6.0
220 mMphosphate1drop
342-44 %satammonium sulfate1reservoir
40.1 Mcitrate1reservoirpH4.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月23日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 194662 / Num. obs: 51959 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 13.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.358 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 7539 / % possible all: 99.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 194662
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.7 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2c2c

2c2c


解像度: 1.7→50 Å / SU B: 2.19354 / SU ML: 0.07236 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.11194 / ESU R Free: 0.11096 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The following NCS restraints were released: main-chain and side-chain of THR94, PHE95 and side-chain of LYS11, ASP20, LYS21, GLU53, LYS76, LYS96, LYS 114. The NCS restraints are as follows: ...詳細: The following NCS restraints were released: main-chain and side-chain of THR94, PHE95 and side-chain of LYS11, ASP20, LYS21, GLU53, LYS76, LYS96, LYS 114. The NCS restraints are as follows: Delta 1- RMS:0.076, Sigma:0.500, Delta 2- RMS:0.101, Sigma 0.500, Delta 3- RMS:0.056, Sigma:0.500, Delta 4- RMS:0.045, Sigma:0.500.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21793 2648 5 %RANDOM
Rwork0.17775 ---
all-51970 --
obs-49259 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3420 0 188 653 4261
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0250.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.030.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.021
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1130.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.7150.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.7813
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it6.2452
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it7.0763
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1670.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2580.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1080.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.215
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor13.520
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.7 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_bond_d / Dev ideal: 0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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