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万見
- PDB-1fak: HUMAN TISSUE FACTOR COMPLEXED WITH COAGULATION FACTOR VIIA INHIBI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1fak
タイトルHUMAN TISSUE FACTOR COMPLEXED WITH COAGULATION FACTOR VIIA INHIBITED WITH A BPTI-MUTANT
要素
  • (PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR ...) x 2
  • PROTEIN (5L15)
  • PROTEIN (SOLUBLE TISSUE FACTOR)
キーワードBLOOD CLOTTING / COMPLEX(SERINE PROTEASE-COFACTOR-LIGAND) / BLOOD COAGULATION / SERINE PROTEASE / COMPLEX / CO-FACTOR / RECEPTOR ENZYME / INHIBITOR / GLA / EGF / COMPLEX (SERINE PROTEASE-COFACTOR-LIGAND)
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / trypsinogen activation / response to genistein ...activation of plasma proteins involved in acute inflammatory response / activation of blood coagulation via clotting cascade / coagulation factor VIIa / response to Thyroid stimulating hormone / response to astaxanthin / response to thyrotropin-releasing hormone / response to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzodioxine / response to carbon dioxide / trypsinogen activation / response to genistein / serine-type peptidase complex / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / response to vitamin K / sulfate binding / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of leukocyte chemotaxis / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / response to thyroxine / NGF-stimulated transcription / zymogen binding / response to cholesterol / cytokine receptor activity / response to growth hormone / positive regulation of positive chemotaxis / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of blood coagulation / animal organ regeneration / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / serine protease inhibitor complex / positive regulation of endothelial cell proliferation / serine-type peptidase activity / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / positive regulation of interleukin-8 production / serine-type endopeptidase inhibitor activity / circadian rhythm / phospholipid binding / protein processing / Golgi lumen / response to estrogen / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of angiogenesis / blood coagulation / response to estradiol / : / protease binding / vesicle / response to hypoxia / positive regulation of cell migration / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / positive regulation of gene expression / cell surface / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor ...Tissue factor / Tissue factor, conserved site / Tissue factor signature. / Interferon/interleukin receptor domain / Interferon-alpha/beta receptor, fibronectin type III / : / Tissue factor / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Few Secondary Structures / Irregular / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-L-fucopyranose / alpha-D-glucopyranose / Pancreatic trypsin inhibitor / Coagulation factor VII / Tissue factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, E. / St Charles, R. / Tulinsky, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Structure of extracellular tissue factor complexed with factor VIIa inhibited with a BPTI mutant.
著者: Zhang, E. / St Charles, R. / Tulinsky, A.
履歴
登録1998年12月28日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年5月31日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA)
H: PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA)
T: PROTEIN (SOLUBLE TISSUE FACTOR)
I: PROTEIN (5L15)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,7318
ポリマ－75,3074
非ポリマー4244
水6,125340
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7610 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area26790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.490, 190.000, 175.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR ... , 2種, 2分子 LH

#1: タンパク質 PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA)


分子量: 17487.076 Da / 分子数: 1 / 断片: LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): KIDNEY CELLS (BHK)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa
#2: タンパク質 PROTEIN (BLOOD COAGULATION FACTOR VIIA)


分子量: 28103.256 Da / 分子数: 1 / 断片: HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): KIDNEY CELLS (BHK)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P08709, coagulation factor VIIa

-
タンパク質 , 2種, 2分子 TI

#3: タンパク質 PROTEIN (SOLUBLE TISSUE FACTOR)


分子量: 23417.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13726
#4: タンパク質 PROTEIN (5L15)


分子量: 6299.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized / 参照: UniProt: P00974

-
糖 , 2種, 2分子

#5: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖 ChemComp-FUC / alpha-L-fucopyranose / alpha-L-fucose / 6-deoxy-alpha-L-galactopyranose / L-fucose / fucose


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 164.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O5
識別子タイププログラム
LFucpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-L-fucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-L-FucpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FucSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 342分子

#7: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 340 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.1 Msodium citrate1reservoirpH5.6
216.0-16.5 %(w/v)PEG40001reservoir
312 %(v/v)1-propanol1reservoir
43.4 mg/mlprotein1drop
515 mMTris-HCl1drop
625 mMsodium citrate1drop
737.5 mM1dropNaCl
81.5 mM1dropCaCl2
94 %(w/v)PEG40001drop
103 %(v/v)1-propanol1drop

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.89
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.89 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. obs: 61209 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.35 % / Rmerge(I) obs: 0.094
反射
*PLUS
Num. obs: 70671 / Num. measured all: 166318
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 2.2 Å / % possible obs: 78 % / Num. unique obs: 61209

-
解析

ソフトウェア
名称分類
SAINTデータスケーリング
SAINTデータ削減
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→9 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
obs0.237 49719 80 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4716 0 23 340 5079
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0540.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.833
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.925
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2190.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1950.6
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2380.6
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2470.6
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.11.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor2120
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor20.925
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / σ(F): 0
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0220.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.03
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0540.05
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0130.015
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2190.15
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.451.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it3.833
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.142
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it4.925

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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