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- PDB-1faa: CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN F FROM SPINACH CHLOROPLAST (LONG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1faa
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN F FROM SPINACH CHLOROPLAST (LONG FORM)
要素THIOREDOXIN F
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-disulfide reductase activity / chloroplast / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thioredoxin F-type, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Capitani, G. / Markovic-Housley, Z. / DelVal, G. / Morris, M. / Jansonius, J.N. / Schurmann, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structures of two functionally different thioredoxins in spinach chloroplasts.
著者: Capitani, G. / Markovic-Housley, Z. / DelVal, G. / Morris, M. / Jansonius, J.N. / Schurmann, P.
履歴
登録2000年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOREDOXIN F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9201
ポリマ－13,9201
非ポリマー00
水61334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)30.6, 63.1, 31.6
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.7, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 THIOREDOXIN F


分子量: 13920.255 Da / 分子数: 1 / 断片: LONG FORM / 変異: M1L, Q3L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
細胞内の位置: CHLOROPLAST / プラスミド: PKK233-2 (MODIFIED) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09856
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium acetate, 2,5-hexane diol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
詳細: Genovesio-Taverne, J.C., (1991) J. Mol. Biol., 222, 459.

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR571 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1991
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25.6 Å / Num. obs: 9180 / % possible obs: 95.2 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MADNESSデータ収集
ROTAVATAデータ削減
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
MADNESSデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
精密化解像度: 1.85→25.6 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used overall anisotropic B-factor refinement and bulk solvent correction (X-PLOR 3.851)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 299 -RANDOM
Rwork0.209 ---
obs-9180 95.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→25.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数943 0 0 34 977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.73
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25.6 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 3.1 % / Rfactor obs: 0.209
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 34.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.7
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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