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万見
- PDB-6zgq: AceL NrdHF class 3 split intein GSH linked splice inactive varian... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6zgq
タイトルAceL NrdHF class 3 split intein GSH linked splice inactive variant - C124A, N146A
要素AceL NrdHF-1-1 Intein
キーワードSPLICING
機能・相同性Endonuclease - Pi-scei; Chain A, domain 1 / Hedgehog/Intein (Hint) domain / Beta Complex / Mainly Beta / IODIDE ION
機能・相同性情報
生物種metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Hoffmann, S. / Mootz, H.D. / Kuemmel, D. / Singh, R.
資金援助1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2021
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of an Unusual and Naturally Split Class 3 Intein.
著者: Hoffmann, S. / Terhorst, T.M.E. / Singh, R.K. / Kummel, D. / Pietrokovski, S. / Mootz, H.D.
履歴
登録2020年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AceL NrdHF-1-1 Intein
B: AceL NrdHF-1-1 Intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0729
ポリマ－37,1842
非ポリマー8887
水3,459192
1
A: AceL NrdHF-1-1 Intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9734
ポリマ－18,5921
非ポリマー3813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AceL NrdHF-1-1 Intein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1005
ポリマ－18,5921
非ポリマー5084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.504, 45.060, 46.281
Angle α, β, γ (deg.)65.450, 77.510, 69.350
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 AceL NrdHF-1-1 Intein


分子量: 18591.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.71 %
結晶化温度: 305 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350 25 %, Glycerol 20 %, 0.1 M MIB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 1.5498 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5498 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→41.96 Å / Num. obs: 20988 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 72086
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.943.50.411442212750.8560.2620.49289.1
9.11-41.963.10.0596011930.9940.0390.07116.395.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→41.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 13.883 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 1070 5.1 %RANDOM
Rwork0.2257 ---
obs0.2272 19917 93.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 291.7 Å2 / Biso mean: 15.512 Å2 / Biso min: 4.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.46 Å21.64 Å22.02 Å2
2--0.73 Å2-0.16 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→41.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2440 0 7 192 2639
Biso mean--51.53 46.15 -
残基数----307
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192575
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.411.9513490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72635616
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4445327
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.44125.691123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.84415478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.135158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02555
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.2134989
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free531
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded24.09655101
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 88 -
Rwork0.288 1400 -
all-1488 -
obs--89.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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