[日本語] English
万見
- PDB-1f8t: FAB (LNKB-2) OF MONOCLONAL ANTIBODY, CRYSTAL STRUCTURE -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f8t
タイトルFAB (LNKB-2) OF MONOCLONAL ANTIBODY, CRYSTAL STRUCTURE
要素
  • ANTIBODY FAB FRAGMENT (HEAVY CHAIN)
  • ANTIBODY FAB FRAGMENT (LIGHT CHAIN)
キーワードIMMUNE SYSTEM / monoclonal antibody / antigen-binding fragment / interleukin-2 / x-ray analysis / crystal
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fokin, A.V. / Afonin, P.V. / Mikhailova, I.I. / Tsygannik, I.N. / Mareeva, T.I.
引用ジャーナル: Bioorg.Khim. / 年: 2000
タイトル: Spatial structure of a Fab-fragment of a monoclonal antibody to human interleukin-2 in two crystalline forms at a resolution of 2.2 and 2.9 angstroms
著者: Fokin, A.V. / Afonin, P.V. / Mikhailova, I.I.u. / Tsygannik, I.N. / Mareeva, T.I.u. / Nesmeianov, V.A. / Pangborn, W. / Lee, N. / Duax, W. / Siszak, E. / Pletnev, V.Z.
履歴
登録2000年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: ANTIBODY FAB FRAGMENT (LIGHT CHAIN)
H: ANTIBODY FAB FRAGMENT (HEAVY CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0582
ポリマ－48,0582
非ポリマー00
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3910 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.24, 72.01, 86.99
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT (LIGHT CHAIN)


分子量: 24203.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 ANTIBODY FAB FRAGMENT (HEAVY CHAIN)


分子量: 23853.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG-4000, 2-propanol, Na-citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→99 Å / Num. all: 22492 / Num. obs: 21459 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.31 Å / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1935 / Num. unique all: 3156 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
CNS0.9精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→99 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Cross-validated maximum likelihood simulated annealing refinement (CNS package)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 2116 -Random
Rwork0.171 ---
all-23673 --
obs-22492 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 0 213 3593
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る