ソフトウェア | 名称 | 分類 |
---|
DENZO | データ削減 | SCALEPACK | データスケーリング | CNS | 精密化 | CNS | 位相決定 |
|
---|
精密化 | 解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 665225.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
---|
Rfree | 0.191 | 8587 | 10 % | RANDOM |
---|
Rwork | 0.165 | - | - | - |
---|
all | 0.175 | 86163 | - | - |
---|
obs | 0.165 | 77576 | 88 % | - |
---|
|
---|
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.25 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3 |
---|
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.9 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
---|
1- | 3.26 Å2 | 1.66 Å2 | 0 Å2 |
---|
2- | - | 3.26 Å2 | 0 Å2 |
---|
3- | - | - | -6.51 Å2 |
---|
|
---|
Refine analyze | | Free | Obs |
---|
Luzzati coordinate error | 0.23 Å | 0.19 Å |
---|
Luzzati d res low | - | 5 Å |
---|
Luzzati sigma a | 0.18 Å | 0.15 Å |
---|
|
---|
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
---|
原子数 | 6484 | 0 | 2 | 692 | 7178 |
---|
|
---|
拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.015 | | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.04 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it0.75 | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it1.21 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it1.22 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it1.87 | 2.5 | | | | | | | | |
|
---|
Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR |
---|
LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
---|
Rfree | 0.244 | 1389 | 10.1 % |
---|
Rwork | 0.211 | 12410 | - |
---|
obs | - | - | 86.1 % |
---|
|
---|
Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
---|
X-RAY DIFFRACTION | 1 | PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOPX-RAY DIFFRACTION | 2 | ION.PARAMION.TOPX-RAY DIFFRACTION | 3 | WATER_REP.PARAMWATER.TOP | | | | | |
|
---|
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement |
---|
精密化 | *PLUS σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % |
---|
溶媒の処理 | *PLUS |
---|
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 30.9 Å2 |
---|
拘束条件 | *PLUS Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target |
---|
X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.6 | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_deg22.7 | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d | | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_deg1.04 | | X-RAY DIFFRACTION | c_mcbond_it | 1.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_scbond_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_mcangle_it | 2 | X-RAY DIFFRACTION | c_scangle_it | 2.5 | | | | | | | | | |
|
---|
LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.244 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.211 |
---|