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- PDB-1f61: CRYSTAL STRUCTURE OF ISOCITRATE LYASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f61
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ISOCITRATE LYASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
要素ISOCITRATE LYASE
キーワードLYASE / ALPHA-BETA BARREL / SWAPPED HELICES / APO-ENZYME / OPEN CONFORMATION / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


methylisocitrate lyase / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / methylisocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / zymogen binding / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia / extracellular region ...methylisocitrate lyase / isocitrate lyase / isocitrate lyase activity / methylisocitrate lyase activity / isocitrate metabolic process / zymogen binding / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / cellular response to hypoxia / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate lyase / Isocitrate lyase family / Isocitrate lyase/phosphorylmutase, conserved site / Isocitrate lyase signature. / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isocitrate lyase 1 / Isocitrate lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Sharma, V. / Sharma, S. / Hoener zu Bentrup, K.H. / McKinney, J.D. / Russell, D.G. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structure of isocitrate lyase, a persistence factor of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Sharma, V. / Sharma, S. / Hoener zu Bentrup, K. / McKinney, J.D. / Russell, D.G. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2000年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ISOCITRATE LYASE
B: ISOCITRATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,4604
ポリマ－94,4112
非ポリマー492
水12,466692
1
A: ISOCITRATE LYASE
B: ISOCITRATE LYASE
ヘテロ分子

A: ISOCITRATE LYASE
B: ISOCITRATE LYASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,9198
ポリマ－188,8224
非ポリマー974
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area29140 Å2
ΔGint-190 kcal/mol
Surface area53440 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.245, 130.245, 288.405
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-977-

HOH

21A-978-

HOH

31A-1049-

HOH

41B-976-

HOH

51B-979-

HOH

61B-1013-

HOH

71B-1077-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ISOCITRATE LYASE


分子量: 47205.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
生物種: Mycobacterium tuberculosis / 株: H37RV / プラスミド: PET30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A5H3, UniProt: P9WKK7*PLUS, isocitrate lyase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 692 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.1 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: sodium citrate, HEPES, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
10.1 MTris-HCl1reservoir
20.2 Msodium acetate1reservoir
320-30 %(w/v)PEG40001reservoir
41
51

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンAPS 19-ID10.9791
シンクロトロンAPS 14-BM-D20.9798
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 11CCD1999年4月13日
ADSC2CCD1999年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97981
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 97699 / Num. obs: 97699 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.08 % / Biso Wilson estimate: 21.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Num. unique all: 9617 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 1082279
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
CNS位相決定
精密化解像度: 2→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 665225.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 8587 10 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.175 86163 --
obs0.165 77576 88 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.25 Å2 / ksol: 0.387 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.26 Å21.66 Å20 Å2
2--3.26 Å20 Å2
3----6.51 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.23 Å0.19 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 2 692 7178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.751.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.212
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.872.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1389 10.1 %
Rwork0.211 12410 -
obs--86.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.244 / % reflection Rfree: 10.1 % / Rfactor Rwork: 0.211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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