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万見
- PDB-1f4z: BACTERIORHODOPSIN-M PHOTOINTERMEDIATE STATE OF THE E204Q MUTANT A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f4z
タイトルBACTERIORHODOPSIN-M PHOTOINTERMEDIATE STATE OF THE E204Q MUTANT AT 1.8 ANGSTROM RESOLUTION
要素BACTERIORHODOPSIN
キーワードPROTON TRANSPORT / MEMBRANE PROTEIN / ION PUMP / RETINAL PROTEIN / LIPIDS / PHOTORECEPTOR / HALOARCHAEA / 7-TRANSMEMBRANE / ION TRANSPORT / MEROHEDRAL TWINNING / E204Q mutant M state / photocycle intermediate
機能・相同性
機能・相同性情報


light-driven active monoatomic ion transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / monoatomic ion channel activity / proton transmembrane transport / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Bacterial rhodopsins retinal binding site. / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LI1 / RETINAL / 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE / Bacteriorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Halobacterium salinarum (好塩性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Luecke, H. / Schobert, B. / Cartailler, J.P. / Richter, H.T. / Rosengarth, A. / Needleman, R. / Lanyi, J.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Coupling photoisomerization of retinal to directional transport in bacteriorhodopsin.
著者: Luecke, H. / Schobert, B. / Cartailler, J.P. / Richter, H.T. / Rosengarth, A. / Needleman, R. / Lanyi, J.K.
履歴
登録2000年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,83416
ポリマ－24,8601
非ポリマー8,97415
水45025
1
A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子

A: BACTERIORHODOPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,50348
ポリマ－74,5813
非ポリマー26,92245
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area24790 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area27990 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.631, 60.631, 108.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 BACTERIORHODOPSIN / BR


分子量: 24860.438 Da / 分子数: 1 / 変異: E204Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Halobacterium salinarum (好塩性) / 発現宿主: Halobacterium salinarum (好塩性) / 参照: UniProt: P02945
#2: 化合物
ChemComp-LI1 / 1-[2,6,10.14-TETRAMETHYL-HEXADECAN-16-YL]-2-[2,10,14-TRIMETHYLHEXADECAN-16-YL]GLYCEROL / LIPID FRAGMENT


分子量: 639.130 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H86O3
#3: 化合物 ChemComp-SQU / 2,10,23-TRIMETHYL-TETRACOSANE / LIPID FRAGMENT


分子量: 380.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H56
#4: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.7 %
結晶化温度: 295 K / 手法: cubic lipid phase / pH: 5.6
詳細: MO:WATER:PHOSPHATE, pH 5.6, Cubic lipid phase, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
詳細: Landau, E.M., (1996) Proc.Natl.Acad.Sci.USA., 93, 14532.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
160-70 %(w/v)lipids11
22.5-4.5 mg/mlBR11
30.7-4.0 Msodium potassium phosphate11
41.5-3.75 %MPD11
50.36-0.48 %OG11

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンSSRL BL9-211
シンクロトロンESRF ID1321
シンクロトロンSPring-8 BL41XU31
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM1CCD2000年1月5日
MAR-CCD2CCD2000年2月17日
MAR-CCD3CCD2000年3月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 214773 / Num. obs: 21451 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 95.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 214773
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 95.1 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHELXL-97精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: ISOMORPHOUS WITH 1C3W

1c3w


解像度: 1.8→12 Å / Num. parameters: 8252 / Num. restraintsaints: 8198 / 交差検証法: 5% / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Twin ratio is 58:42, R-factor (F>4sig)=0.131, R-free (F>4sig)=0.190
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1039 -5% of the data was omitted via thin-resolution shell selection
Rwork0.142 ---
all-20778 --
obs-20778 99.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1720 0 330 25 2075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 12 Å / σ(F): 4 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor all: 0.142 / Rfactor obs: 0.131
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.024

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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