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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1f3d | ||||||
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タイトル | CATALYTIC ANTIBODY 4B2 IN COMPLEX WITH ITS AMIDINIUM HAPTEN. | ||||||
要素 | (CATALYTIC ANTIBODY 4B2) x 2 | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / catalytic antibody / amidinium / haptenic charge | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å | ||||||
データ登録者 | Golinelli-Pimpaneau, B. / Goncalves, O. / Dintinger, T. / Blanchard, D. / Knossow, M. / Tellier, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000 タイトル: Structural evidence for a programmed general base in the active site of a catalytic antibody. 著者: Golinelli-Pimpaneau, B. / Goncalves, O. / Dintinger, T. / Blanchard, D. / Knossow, M. / Tellier, C. #1: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2000 タイトル: Mechanism of an Antibody-Catalysed Allylic Isomerization. 著者: Goncalves, O. / Dintinger, T. / Lebreton, J. / Blanchard, D. / Tellier, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1f3d.cif.gz | 179 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1f3d.ent.gz | 148.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1f3d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1f3d_validation.pdf.gz | 481.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1f3d_full_validation.pdf.gz | 489.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1f3d_validation.xml.gz | 34.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1f3d_validation.cif.gz | 49.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/f3/1f3d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 24206.977 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN - FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Tissue fraction: ASCITES FLUID / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS #2: 抗体 | 分子量: 23292.092 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN - FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Tissue fraction: ASCITES FLUID #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, acetate, stontium chloride, glycerol, dioxan, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9607 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9607 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→20 Å / Num. all: 81391 / Num. obs: 79647 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.84 % / Biso Wilson estimate: 24.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20 |
反射 シェル | 解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3755 / % possible all: 94.9 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 155936 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.9 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.198 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.87 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor obs: 0.274 |