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- PDB-1f3d: CATALYTIC ANTIBODY 4B2 IN COMPLEX WITH ITS AMIDINIUM HAPTEN. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f3d
タイトルCATALYTIC ANTIBODY 4B2 IN COMPLEX WITH ITS AMIDINIUM HAPTEN.
要素(CATALYTIC ANTIBODY 4B2) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / catalytic antibody / amidinium / haptenic charge
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TPM / If kappa light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Golinelli-Pimpaneau, B. / Goncalves, O. / Dintinger, T. / Blanchard, D. / Knossow, M. / Tellier, C.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Structural evidence for a programmed general base in the active site of a catalytic antibody.
著者: Golinelli-Pimpaneau, B. / Goncalves, O. / Dintinger, T. / Blanchard, D. / Knossow, M. / Tellier, C.
#1: ジャーナル: BIOCHEM.J. / 年: 2000
タイトル: Mechanism of an Antibody-Catalysed Allylic Isomerization.
著者: Goncalves, O. / Dintinger, T. / Lebreton, J. / Blanchard, D. / Tellier, C.
履歴
登録2000年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月4日Group: Version format compliance
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: CATALYTIC ANTIBODY 4B2
H: CATALYTIC ANTIBODY 4B2
J: CATALYTIC ANTIBODY 4B2
K: CATALYTIC ANTIBODY 4B2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5037
ポリマ－94,9984
非ポリマー5053
水5,549308
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.000, 87.200, 128.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 CATALYTIC ANTIBODY 4B2


分子量: 24206.977 Da / 分子数: 2 / 断片: LIGHT CHAIN - FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Tissue fraction: ASCITES FLUID / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 CATALYTIC ANTIBODY 4B2


分子量: 23292.092 Da / 分子数: 2 / 断片: HEAVY CHAIN - FAB FRAGMENT / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Tissue fraction: ASCITES FLUID
#3: 化合物 ChemComp-TPM / 2-(4-AMINOBENZYLAMINO)-3,4,5,6-TETRAHYDROPYRIDINIUM


分子量: 204.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H18N3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.33 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 4000, ammonium sulfate, acetate, stontium chloride, glycerol, dioxan, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116 %(v/v)PEG40001reservoir
23 %(v/v)dioxane1reservoir
320 %(v/v)glycerol1reservoir
40.2 Mammonium sulfate1reservoir
55 mMstrontium chloride1reservoir
620 mMsodium acetate1reservoir
70.25 mMhapten1drop
811.6 mg/mlFab1drop
90.15 M1dropNaCl
100.05 %1dropNaN3

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.9607
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9607 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→20 Å / Num. all: 81391 / Num. obs: 79647 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.84 % / Biso Wilson estimate: 24.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.87→1.9 Å / 冗長度: 1.87 % / Rmerge(I) obs: 0.201 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3755 / % possible all: 94.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 155936
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 94.9 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.87→20 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 7975 -RANDOM
Rwork0.198 ---
all-79627 --
obs-79342 97.5 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.87→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6600 0 35 308 6943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.411
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.198
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.87 Å / 最低解像度: 1.9 Å / Rfactor Rfree: 0.281 / Rfactor obs: 0.274

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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