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- PDB-1f2x: STRUCTURE OF THE SINGLE-DOMAIN CAMELID ANTIBODY CAB-CA05 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1f2x
タイトルSTRUCTURE OF THE SINGLE-DOMAIN CAMELID ANTIBODY CAB-CA05
要素ANTIBODY HEAVY CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM / immunoglobulin fold
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Decanniere, K. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Canonical antigen-binding loop structures in immunoglobulins: more structures, more canonical classes?
著者: Decanniere, K. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of the Camelid Single-Domain Antibody Fragment cAb-CA05: Free and Complexed Structure
著者: Desmeyter, A. / Decanniere, K. / Muyldermans, S. / Wyns, L.
履歴
登録2000年5月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _diffrn_source.type
改定 1.42023年8月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: ANTIBODY HEAVY CHAIN
L: ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4672
ポリマ－29,4672
非ポリマー00
水2,108117
1
K: ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7331
ポリマ－14,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
L: ANTIBODY HEAVY CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7331
ポリマ－14,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.980, 43.860, 87.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 ANTIBODY HEAVY CHAIN / VHH


分子量: 14733.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Cell: LYMPHOCYTES / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25 % (w/v) PEG8000, 0.1 M Na citrate pH 5.6, protein concentration 1.7 mg/ml, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 45 %
結晶化
*PLUS
pH: 6.4 / 詳細: Desmyter, A., (1996) Nature Struct. Biol., 3, 803.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein complex1drop
215-20 %(w/v)PEG80001drop
30.1 Mpotassium phosphate1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→31 Å / Num. all: 13523 / Num. obs: 13256 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 23.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.227 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1878 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BZQ

1bzq


解像度: 2.1→31 Å / SU B: 5.7 / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.27 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: maximum likelihood target using F's
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 666 -5%, random
Rwork0.19 ---
all0.19 12819 --
obs0.19 12786 99.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1873 0 0 117 1990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0090.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0260.05
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.713
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.83
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.17
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.715
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor36.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor015
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.1 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.19 / Rfactor Rfree: 0.27 / Rfactor Rwork: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.662
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.732
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.713
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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