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- PDB-1ezv: STRUCTURE OF THE YEAST CYTOCHROME BC1 COMPLEX CO-CRYSTALLIZED WIT... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 1ezv
タイトルSTRUCTURE OF THE YEAST CYTOCHROME BC1 COMPLEX CO-CRYSTALLIZED WITH AN ANTIBODY FV-FRAGMENT
要素
  • (UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ...) x 6
  • CYTOCHROME B
  • CYTOCHROME C1
  • HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
  • LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
  • UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / cytochrome bc1 complex / complex III / QCR / mitochondria / yeast / antibody Fv-fragment / stigmatellin / coenzyme Q6 / matrix processing peptidases / ubiquinone / electron transfer / proton transfer / Q-cycle / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / Complex III assembly / : / FCGR activation ...Scavenging of heme from plasma / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / CD22 mediated BCR regulation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / FCERI mediated MAPK activation / Initial triggering of complement / Classical antibody-mediated complement activation / Complex III assembly / : / FCGR activation / Role of phospholipids in phagocytosis / Regulation of Complement cascade / matrix side of mitochondrial inner membrane / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCERI mediated NF-kB activation / Cell surface interactions at the vascular wall / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Respiratory electron transport / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / quinol-cytochrome-c reductase activity / immunoglobulin complex / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / adaptive immune response / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / immune response / heme binding / mitochondrion / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 ...Cytochrome Bc1 Complex; Chain F / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol cytochrome reductase, transmembrane domain / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain C / Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske Iron-sulfur Protein / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / : / 3-layer Sandwich / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / : / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Helix Hairpins / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STIGMATELLIN A / Chem-UQ6 / : / : / : / : / : / : ...FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / STIGMATELLIN A / Chem-UQ6 / : / : / : / : / : / : / : / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Ig kappa chain V-V region HP 124E1 / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Ig heavy chain V region 3-6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hunte, C. / Koepke, J. / Lange, C. / Rossmanith, T. / Michel, H.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Structure at 2.3 A resolution of the cytochrome bc(1) complex from the yeast Saccharomyces cerevisiae co-crystallized with an antibody Fv fragment.
著者: Hunte, C. / Koepke, J. / Lange, C. / Rossmanith, T. / Michel, H.
履歴
登録2000年5月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
B: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1
E: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
H: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 17 KD PROTEIN
F: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KD PROTEIN
G: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
I: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.3 KD PROTEIN
X: HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
Y: LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,12417
ポリマ－243,99111
非ポリマー3,1336
水6,233346
1
A: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
B: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1
E: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
H: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 17 KD PROTEIN
F: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KD PROTEIN
G: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
I: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.3 KD PROTEIN
ヘテロ分子

A: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I
B: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2
C: CYTOCHROME B
D: CYTOCHROME C1
E: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT
H: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 17 KD PROTEIN
F: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KD PROTEIN
G: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C
I: UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.3 KD PROTEIN
X: HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT
Y: LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)467,95632
ポリマ－461,69120
非ポリマー6,26612
水36020
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.47, 163.92, 147.27
Angle α, β, γ (deg.)90, 117.50, 90
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The yeast mitochondrial cytochrome bc1 complex consist of 9 subunits (COR1, QCR2, COB, CYT1, RIP1, QCR6, QCR7, QCR8, QCR9). The biological functional unit is a homodimer. The smallest subunit QCR10, which is not required for a functional enzyme, was not present in the protein preparations. / The cytochrome bc1 complex was co-crystallized with an antibody Fv-fragment, which is bound to subunit RIP1 ("Rieske"-protein). The Fv-fragment consists of heavy and light chain (VH and VL). the Fv-fragment is bound to the "Rieske"-protein (chain ID E)

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要素

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UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX ... , 6種, 6分子 ABHFGI

#1: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN I


分子量: 47358.168 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 24-457 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: MITOCHONDRIA, YEAST, SACCHAROMYCES CEREVISIAE / Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P07256, quinol-cytochrome-c reductase
#2: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX CORE PROTEIN 2


分子量: 38751.918 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 17-368 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: FV-FRAGMENT DERIVED FROM THE MURINE MONOCLONAL ANTIBODY 18E11, EXPRESSION SYSTEM ESCHERICHIA COLI
Organelle: MITOCHONDRIA
参照: GenBank: 786302, UniProt: P07257*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#6: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 17 KD PROTEIN


分子量: 8854.792 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 74-147 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Organelle: MITOCHONDRIA
参照: GenBank: 836788, UniProt: P00127*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#7: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 14 KD PROTEIN


分子量: 14355.443 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 3-127 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Organelle: MITOCHONDRIA
参照: GenBank: 927796, UniProt: P00128*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#8: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX UBIQUINONE-BINDING PROTEIN QP-C


分子量: 10856.314 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-94 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Organelle: MITOCHONDRIA
参照: GenBank: 1008356, UniProt: P08525*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase
#9: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE COMPLEX 7.3 KD PROTEIN


分子量: 6301.232 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 4-58 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: UniProt: P22289, quinol-cytochrome-c reductase

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タンパク質 , 3種, 3分子 CDE

#3: タンパク質 CYTOCHROME B


分子量: 43674.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: GenBank: 643021, UniProt: P00163*PLUS
#4: タンパク質 CYTOCHROME C1


分子量: 27423.904 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 62-306 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Organelle: MITOCHONDRIA / 参照: GenBank: 1420211, UniProt: P07143*PLUS
#5: タンパク質 UBIQUINOL-CYTOCHROME C REDUCTASE IRON-SULFUR SUBUNIT


分子量: 20122.955 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 31-215 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Organelle: MITOCHONDRIA
参照: GenBank: 602391, UniProt: P08067*PLUS, quinol-cytochrome-c reductase

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抗体 , 2種, 2分子 XY

#10: 抗体 HEAVY CHAIN (VH) OF FV-FRAGMENT


分子量: 14365.817 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18531*PLUS
#11: 抗体 LIGHT CHAIN (VL) OF FV-FRAGMENT


分子量: 11926.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01647*PLUS

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非ポリマー , 5種, 352分子

#12: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#13: 化合物 ChemComp-SMA / STIGMATELLIN A


分子量: 514.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H42O7
#14: 化合物 ChemComp-UQ6 / 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL


分子量: 592.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H60O4
#15: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#16: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 17

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: microseeding / pH: 8
詳細: 5 % PEG 4000, 100 mM Tris, 0.05 % Undecyl-maltoside, 1 micromolar stigmatellin, pH 8.0, microseeding, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
3100 mMTris-HCl1drop
40.05 %UDM1drop
55-6 %PEG40001reservoir
1protein1drop
2PEG40001drop

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12771
22771
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-310.931
シンクロトロンEMBL/DESY, HAMBURG X1120.906
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1999年2月1日
MAR scanner 345 mm plate2IMAGE PLATE1998年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9311
20.9061
反射解像度: 2.3→15 Å / Num. all: 168625 / % possible obs: 84.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.27 % / Biso Wilson estimate: 52.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.3→15 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique all: 4845 / % possible all: 73.9
反射
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Num. obs: 168625 / Num. measured all: 1057968
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 73.9 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
直接法モデル構築
ARP/wARPモデル構築
CNS精密化
直接法位相決定
精密化解像度: 2.3→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 4240 -RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.223 199009 --
obs0.253 168517 84.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17222 0 213 346 17781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg24.8
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg1.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 15 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 2.5 % / Rfactor all: 0.222
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 0.9

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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