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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ew9 | ||||||
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タイトル | ALKALINE PHOSPHATASE (E.C. 3.1.3.1) COMPLEX WITH MERCAPTOMETHYL PHOSPHONATE | ||||||
![]() | ALKALINE PHOSPHATASE | ||||||
![]() | HYDROLASE / enzyme-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxidoreductase activity, acting on phosphorus or arsenic in donors / alkaline phosphatase / alkaline phosphatase activity / hydrogenase (acceptor) activity / phosphoprotein phosphatase activity / dephosphorylation / protein dephosphorylation / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / magnesium ion binding / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Holtz, K.M. / Stec, B. / Meyers, J.K. / Antonelli, S.M. / Widlanski, T.S. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Alternate modes of binding in two crystal structures of alkaline phosphatase-inhibitor complexes. 著者: Holtz, K.M. / Stec, B. / Myers, J.K. / Antonelli, S.M. / Widlanski, T.S. / Kantrowitz, E.R. #1: ![]() タイトル: A Model of the Transition State in the Alkaline Phosphatase Reaction 著者: Holtz, K.M. / Stec, B. / Kantrowitz, E.R. #2: ![]() タイトル: Reaction Mechanism of Alkaline Phosphatase Based on Two Crystal Structures. Two-metal Ion Catalysis 著者: Kim, E.E. / Wyckoff, H.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 189.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 149.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 464.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 477.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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詳細 | homodimeric metalloenzyme with a non-crystallographic 2-fold symmetry axis |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 47094.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 569分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MMQ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MMQ.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | The magnesium 452 has three waters associated with it and it has been labelled as ligand MO3 for ...The magnesium 452 has three waters associated with it and it has been labelled as ligand MO3 for each chain. The zinc ion 452 has the same three waters associated with it and is labelled ZO3. The ZO3 and MO3 occupy the same space and have the same coordinates, but their occupancies are different. The MO3 is labelled as residue 452, conformation A. The ZO3 is labelled as residue 453, conformation B. SO4 558 is ASSOCIATED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: enzyme: 30 mg/mL; buffer: 40% saturated ammonium sulfate, 100 mM Tris/10 mM magnesium sulfate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 25K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: UCSD MARK III / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1996年8月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 84601 / Num. obs: 78354 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 25.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 7.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.15 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.257 / Num. unique all: 12128 / % possible all: 72.6 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 202714 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 2 Å / % possible obs: 72.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→12 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Used conjugated gradient least squares for the refinement and weighted full matrix least squares procedure for estimating ESDs.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.175 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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