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- PDB-1evq: THE CRYSTAL STRUCTURE OF THE THERMOPHILIC CARBOXYLESTERASE EST2 F... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1evq
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF THE THERMOPHILIC CARBOXYLESTERASE EST2 FROM ALICYCLOBACILLUS ACIDOCALDARIUS
要素SERINE HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


short-chain carboxylesterase activity
類似検索 - 分子機能
: / Alpha/beta hydrolase fold-3 / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者De Simone, G. / Galdiero, S. / Manco, G. / Lang, D. / Rossi, M. / Pedone, C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: A snapshot of a transition state analogue of a novel thermophilic esterase belonging to the subfamily of mammalian hormone-sensitive lipase.
著者: De Simone, G. / Galdiero, S. / Manco, G. / Lang, D. / Rossi, M. / Pedone, C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Diffraction Studies of the Carboxylesterase EST2 from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: De Simone, G. / Manco, G. / Galdiero, S. / Lombardi, A. / Rossi, M. / Pavone, V.
#2: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of Brefeldin A Esterase, a Bacterial Homolog of the Mammalian Hormone-sensitive Lipase
著者: Wei, Y. / Contreras, J.A. / Sheffield, P. / Osterlund, T. / Derewenda, U. / Kneusel, R.E. / Matern, U. / Holm, C. / Derewenda, Z.S.
履歴
登録2000年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Advisory / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _exptl_crystal_grow.temp

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SERINE HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,8873
ポリマ－34,5271
非ポリマー3602
水1,40578
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.105, 79.105, 107.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 SERINE HYDROLASE


分子量: 34526.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius (バクテリア)
プラスミド: PT7-7SCII / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7SIG1, carboxylesterase
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
解説: Wavelength 0.9785 is the peak wavelength, 0.9786 is the inflection, and 0.9810 is remote.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 2% PEG 400, 100mM Hepes pH 7.8, 2M Ammonium Sulphate, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
pH: 8.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mMTris-HCl1drop
20.1 M1dropNaCl
32.5 mM1dropMgCl2
44 mg/mlprotein1drop
52 Mammonium sulfate1reservoir
6100 mMHEPES1reservoir
72 %PEG4001reservoir
81 mMdithiothreitol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, Hamburg / ビームライン: X31 / 波長: 0.9785, 0.9786, 0.9810
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1999年3月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97851
20.97861
30.9811
反射解像度: 2.6→100 Å / Num. all: 203297 / Num. obs: 10886 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 31
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.236 / Num. unique all: 1057 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 8.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
SOLVE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 515 5 %RANDOM
Rwork0.216 ---
all-10753 --
obs-10753 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2423 0 22 78 2523
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.216
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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