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- PDB-1ev3: Structure of the rhombohedral form of the M-cresol/insulin R6 hexamer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ev3
タイトルStructure of the rhombohedral form of the M-cresol/insulin R6 hexamer
要素(INSULIN) x 2
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / R6 Hexamer / 18-A / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / regulation of cellular amino acid metabolic process / negative regulation of fatty acid metabolic process / negative regulation of feeding behavior / Signaling by Insulin receptor / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / Regulation of gene expression in beta cells / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of acute inflammatory response / alpha-beta T cell activation / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / positive regulation of dendritic spine maintenance / positive regulation of glycogen biosynthetic process / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of protein secretion / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / fatty acid homeostasis / Signal attenuation / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / negative regulation of lipid catabolic process / negative regulation of gluconeogenesis / COPI-mediated anterograde transport / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / transport vesicle / positive regulation of protein autophosphorylation / Insulin receptor recycling / neuron projection maintenance / NPAS4 regulates expression of target genes / positive regulation of protein metabolic process / positive regulation of brown fat cell differentiation / positive regulation of glycolytic process / activation of protein kinase B activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of cytokine production / positive regulation of long-term synaptic potentiation / Regulation of insulin secretion / acute-phase response / endosome lumen / positive regulation of protein secretion / positive regulation of glucose import / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of proteolysis / regulation of transmembrane transporter activity / insulin-like growth factor receptor binding / wound healing / insulin receptor binding / regulation of synaptic plasticity / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / cognition / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / vasodilation / glucose metabolic process / regulation of protein localization / insulin receptor signaling pathway / cell-cell signaling / glucose homeostasis / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / protease binding / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
M-CRESOL / Insulin
類似検索 - 構成要素
手法X線回折 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Smith, G.D. / Ciszak, E. / Magrum, L.A. / Pangborn, W.A. / Blessing, R.H.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000
タイトル: R6 hexameric insulin complexed with m-cresol or resorcinol.
著者: Smith, G.D. / Ciszak, E. / Magrum, L.A. / Pangborn, W.A. / Blessing, R.H.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1992
タイトル: Structure of a Rhombohedral R6 Insulin/Phenol Complex
著者: Smith, G.D. / Dodson, G.G.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1989
タイトル: Phenol Stabilizes more Helix in a new Symmetrical Zinc Insulin Hexamer
著者: Derewenda, U. / Derewenda, Z. / Dodson, E.J. / Dodson, G.G. / Reynolds, C.D. / Smith, G.D. / Sparks, C. / Swenson, D.
履歴
登録2000年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: INSULIN
B: INSULIN
C: INSULIN
D: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,16111
ポリマ－11,6354
非ポリマー5267
水1,58588
1
A: INSULIN
B: INSULIN
C: INSULIN
D: INSULIN
ヘテロ分子

A: INSULIN
B: INSULIN
C: INSULIN
D: INSULIN
ヘテロ分子

A: INSULIN
B: INSULIN
C: INSULIN
D: INSULIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,48433
ポリマ－34,90612
非ポリマー1,57821
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area20660 Å2
ΔGint-308 kcal/mol
Surface area11140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)78.866, 78.866, 39.465
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-31-

ZN

21B-32-

CL

31D-31-

ZN

41D-32-

CL

51B-33-

HOH

61D-33-

HOH

71D-55-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質・ペプチド INSULIN


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 87-107 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in homo sapiens (human)
参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド INSULIN


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 25-54 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence occurs naturally in homo sapiens (human)
参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 4種, 95分子

#3: 化合物 ChemComp-CRS / M-CRESOL / m-クレゾ-ル


分子量: 108.138 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: slow cooling / pH: 8.5
詳細: 30 mg insulin, 3.0 ml of 0.02 M HCl, 0.3 ml of 0.15 M Zinc Acetate, 1.5 ml of 0.2 M Sodium Citrate, 1.2 ml of 2.5% m-cresol in acetone, 0.36 gm sodium chloride, pH 8.5, SLOW COOLING, temperature 298K
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
20.02 M113.0mlHCl
30.15 Mzinc acetate110.3ml
40.2 Msodium citrate111.5ml
52.5 %m-cresol in acetone111.2ml
1insulin1130mg
6110.36gNaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年1月13日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→19.72 Å / Num. all: 9334 / Num. obs: 9334 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 60.6
反射 シェル解像度: 1.78→1.83 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.173 / Mean I/σ(I) obs: 10 / % possible all: 82.6
反射
*PLUS
Num. measured all: 64359
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.6 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1精密化
CNS1位相決定
精密化解像度: 1.78→19.72 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 885 10.3 %Random
Rwork0.2 ---
all0.2 8552 --
obs0.2 8552 97.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 56.69 Å2 / ksol: 0.342 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.96 Å20.73 Å20 Å2
2---0.96 Å20 Å2
3---1.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.78→19.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数755 0 28 88 871
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.782
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.722.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.362.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.413
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.32 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 136 10.4 %
Rwork0.336 1173 -
obs--88.2 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.3 % / Rfactor obs: 0.2 / Rfactor Rwork: 0.2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 33.2 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg20.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.9
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.371 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor Rwork: 0.336 / Rfactor obs: 0.336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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