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Yorodumi- PDB-3v1s: Scaffold tailoring by a newly detected Pictet-Spenglerase ac-tivi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3v1s | ||||||
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Title | Scaffold tailoring by a newly detected Pictet-Spenglerase ac-tivity of strictosidine synthase (STR1): from the common tryp-toline skeleton to the rare piperazino-indole framework | ||||||
Components | Strictosidine synthase | ||||||
Keywords | LYASE / Strictosidine synthase / Alkaloid biosynthesis / Strictosidine synthase family | ||||||
Function / homology | Function and homology information strictosidine synthase / strictosidine synthase activity / alkaloid metabolic process / vacuole / biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rauvolfia serpentina (serpentwood) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.328 Å | ||||||
Authors | Wu, F. / Zhu, H. / Sun, L. / Rajendran, C. / Wang, M. / Ren, X. / Panjikar, S. / Cherkasov, A. / Zou, H. / Stoeckigt, J. | ||||||
Citation | Journal: J.Am.Chem.Soc. / Year: 2012 Title: Scaffold Tailoring by a Newly Detected Pictet-Spenglerase Activity of Strictosidine Synthase: From the Common Tryptoline Skeleton to the Rare Piperazino-indole Framework Authors: Wu, F. / Zhu, H. / Sun, L. / Rajendran, C. / Wang, M. / Ren, X. / Panjikar, S. / Cherkasov, A. / Zou, H. / Stockigt, J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3v1s.cif.gz | 257.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3v1s.ent.gz | 209.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3v1s.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v1/3v1s | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2v91S S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35765.938 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rauvolfia serpentina (serpentwood) / Gene: STR1 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: P68175, strictosidine synthase #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.72 Å3/Da / Density % sol: 66.98 % |
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-Data collection
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
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Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.32→44.5 Å / Num. obs: 44907 / % possible obs: 99.64 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2V91 Resolution: 2.328→44.496 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8295 / SU ML: 0.71 / σ(F): 2.01 / Phase error: 24.8 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.021 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 162.07 Å2 / Biso mean: 51.6125 Å2 / Biso min: 17.12 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.328→44.496 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 16
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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