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- PDB-1eoh: GLUTATHIONE TRANSFERASE P1-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eoh
タイトルGLUTATHIONE TRANSFERASE P1-1
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / glutathione transferase / helix capping mutant (D152A)
機能・相同性
機能・相同性情報


S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of smooth muscle cell chemotaxis / negative regulation of leukocyte proliferation / TRAF2-GSTP1 complex / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / cellular response to cell-matrix adhesion / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / response to L-ascorbic acid / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / nitric oxide binding / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / Paracetamol ADME / oligodendrocyte development / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of JNK cascade / prostaglandin metabolic process / negative regulation of interleukin-1 beta production / cellular response to glucocorticoid stimulus / regulation of stress-activated MAPK cascade / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / glutathione transferase / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / animal organ regeneration / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / response to amino acid / toxic substance binding / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of MAPK cascade / positive regulation of superoxide anion generation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / cellular response to epidermal growth factor stimulus / fatty acid binding / central nervous system development / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to insulin stimulus / response to estradiol / cellular response to lipopolysaccharide / vesicle / response to ethanol / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase P
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Rossjohn, J. / McKinstry, W.J. / Oakley, A.J. / Parker, M.W. / Stenberg, G. / Mannervik, B. / Dragani, B. / Cocco, R. / Aceto, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / : 2000
タイトル: Structures of thermolabile mutants of human glutathione transferase P1-1.
著者: Rossjohn, J. / McKinstry, W.J. / Oakley, A.J. / Parker, M.W. / Stenberg, G. / Mannervik, B. / Dragani, B. / Cocco, R. / Aceto, A.
履歴
登録2000年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,6208
ポリマ-185,6208
非ポリマー00
9,008500
1
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4052
ポリマ-46,4052
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2250 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area17760 Å2
手法PISA
2
C: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
D: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4052
ポリマ-46,4052
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2290 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
3
E: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
F: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4052
ポリマ-46,4052
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
4
G: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
H: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4052
ポリマ-46,4052
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2220 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.970, 84.020, 236.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
GLUTATHIONE S-TRANSFERASE


分子量: 23202.561 Da / 分子数: 8 / 変異: D152A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: XL-1 BLUE / 器官 (発現宿主): LIVER / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14.0 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
320-25 %(w/v)ammonium sulfate1reservoir
460 mMdithiothreitol1reservoir
5100 mMMES1reservoir

-
データ収集

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / Num. obs: 57974 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Num. measured all: 231441 / Rmerge(I) obs: 0.115
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 58 % / Rmerge(I) obs: 0.396 / Mean I/σ(I) obs: 3.4

-
解析

ソフトウェア名称: CNS / バージョン: 0.4 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数
Rfree0.2864 -
Rwork0.2314 -
all-57589
obs-58096
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13080 0 0 500 13580
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 0.4 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 54671 / Num. reflection Rfree: 2918 / % reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg21.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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