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- PDB-5l6x: CRYSTAL STRUCTURE OF HGSTP1-1 COMPLEXED WITH FERROCENE-GLUTATHION... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5l6x
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HGSTP1-1 COMPLEXED WITH FERROCENE-GLUTATHIONE CONJUGATE
要素Glutathione S-transferase P
キーワードTRANSFERASE / glutathione S-transferases / Ferrocene-glutathione conjugate / inhibitor complex / detoxification
機能・相同性
機能・相同性情報


S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of leukocyte proliferation / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity ...S-nitrosoglutathione binding / nitric oxide storage / negative regulation of leukocyte proliferation / TRAF2-GSTP1 complex / kinase regulator activity / dinitrosyl-iron complex binding / common myeloid progenitor cell proliferation / hepoxilin biosynthetic process / glutathione derivative biosynthetic process / negative regulation of JUN kinase activity / linoleic acid metabolic process / Glutathione conjugation / negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / nitric oxide binding / JUN kinase binding / glutathione peroxidase activity / Paracetamol ADME / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / negative regulation of interleukin-1 beta production / prostaglandin metabolic process / regulation of stress-activated MAPK cascade / Detoxification of Reactive Oxygen Species / negative regulation of acute inflammatory response / glutathione transferase / negative regulation of tumor necrosis factor production / glutathione transferase activity / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / negative regulation of MAP kinase activity / negative regulation of MAPK cascade / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / glutathione metabolic process / xenobiotic metabolic process / positive regulation of superoxide anion generation / central nervous system development / fatty acid binding / negative regulation of protein kinase activity / response to reactive oxygen species / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to lipopolysaccharide / secretory granule lumen / vesicle / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, Pi class / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6SG / AZIDE ION / Glutathione S-transferase P
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lopez-Jaramillo, F.J. / Garcia-Fuentes, L. / Vargas-Berenguel, A.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2013-48380-R スペイン
Marie Sklodowska-Curie ITN programCYCLON Hit 608407
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessCTQ2014-55474-C2-1-R スペイン
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF HGSTP1-1 COMPLEXED WITH FERROCENE-GLUTATHIONE CONJUGATE
著者: Lopez-Jaramillo, F.J. / Vargas-Berenguel, A. / Garcia-Fuentes, L.
履歴
登録2016年6月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02019年11月6日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_detector / Item: _atom_site.occupancy / _diffrn_detector.detector
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase P
B: Glutathione S-transferase P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,27415
ポリマ－46,7032
非ポリマー1,57113
水6,990388
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4430 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.023, 89.410, 68.604
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.816, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-448-

HOH

21B-583-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase P / GST class-pi / GSTP1-1


分子量: 23351.732 Da / 分子数: 2 / 変異: P2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTP1, FAEES3, GST3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09211, glutathione transferase
#2: 化合物
ChemComp-AZI / AZIDE ION / アザイド


分子量: 42.020 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: N3
#3: 化合物 ChemComp-6SG / S-[N-(ferrocenylmethyl)carbamoylmethyl]-glutathione


分子量: 554.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22FeN4O7S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM HEPES pH 6, 10 mM DTT, 100 mM CaCl2, 30% PEG 6000, Ligand was soaked o/n prior diffraction

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cryo
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2013年8月20日 / 詳細: Helios
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.995→19 Å / Num. obs: 31283 / % possible obs: 99.04 % / 冗長度: 5.79 % / Rsym value: 0.07 / Net I/av σ(I): 78.604 / Net I/σ(I): 31.148 / Num. measured all: 181113
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rsym valueDiffraction-IDRejects
1.995-2.0660.18710
2.066-2.1490.15710
2.149-2.2470.12710
2.247-2.3650.11310
2.365-2.5130.110
2.513-2.7070.09310
2.707-2.9790.08210
2.979-3.4080.06710
3.408-4.2880.05710
4.2880.05210

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
SAINTV8.30Cデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
SAINTV8.30Cデータ削減
CNS1.2位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 3pgt

3pgt


解像度: 2→10 Å / FOM work R set: 0.8778 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2132 3016 9.8 %Random
Rwork0.1806 27673 --
obs-30689 99.3 %-
溶媒の処理Bsol: 70.1026 Å2
原子変位パラメータBiso max: 51.36 Å2 / Biso mean: 11.5663 Å2 / Biso min: 1.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.812 Å20 Å2-1.589 Å2
2---1.125 Å20 Å2
3----1.687 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3275 0 490 0 3765
Biso mean--16.39 --
残基数----419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.546
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 50

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2-2.010.3126610.2198515576
2.01-2.030.3083550.2283531586
2.03-2.040.2505590.2169518577
2.04-2.060.2667570.2199533590
2.06-2.070.2551500.1922554604
2.07-2.090.2443600.2004577637
2.09-2.10.2449630.2052543606
2.1-2.120.2362530.1943538591
2.12-2.140.2073610.1822559620
2.14-2.150.2462550.1919558613
2.15-2.170.2105600.1983537597
2.17-2.190.2527530.1851583636
2.19-2.210.2149640.1733525589
2.21-2.230.209600.184550610
2.23-2.250.2551450.1849578623
2.25-2.270.2418520.1744565617
2.27-2.290.2246730.1772544617
2.29-2.320.2086710.1801523594
2.32-2.340.2677630.1893571634
2.34-2.370.2088530.1762560613
2.37-2.390.2586670.1754541608
2.39-2.420.2295460.1641554600
2.42-2.450.236470.1834593640
2.45-2.480.2104680.1555545613
2.48-2.510.2439500.1741538588
2.51-2.550.2154620.1843581643
2.55-2.580.2097580.1766546604
2.58-2.620.2402630.1943571634
2.62-2.660.2165680.1799528596
2.66-2.70.2275740.1885545619
2.7-2.750.2355630.1854553616
2.75-2.80.2668680.2019553621
2.8-2.850.207700.1844539609
2.85-2.910.316610.2071565626
2.91-2.970.211580.1971575633
2.97-3.040.1826510.1677544595
3.04-3.110.2243710.1997558629
3.11-3.190.2095580.2004550608
3.19-3.280.2257610.1843566627
3.28-3.380.1837610.1977533594
3.38-3.50.2181570.1806582639
3.5-3.630.226700.1849563633
3.63-3.790.182480.1659552600
3.79-3.980.172630.16562625
3.98-4.210.1375560.1396573629
4.21-4.510.1171640.1397557621
4.51-4.910.1695570.1555568625
4.91-5.520.1534660.1583553619
5.52-6.60.1911740.1724558632
6.6-100.1889680.1808565633
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ligand.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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