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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ens | ||||||
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タイトル | CRYSTALS OF DEMETALLIZED CONCANAVALIN A SOAKED WITH COBALT HAVING A COBALT ION BOUND IN THE S1 SITE | ||||||
![]() | CONCANAVALIN A | ||||||
![]() | PLANT LECTIN (AGGLUTININ) / CONCANAVALIN A / COBALT / PLANT LECTIN / AGGLUTININ | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of defense response to virus / D-mannose binding / defense response / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Bouckaert, J. / Loris, R. / Poortmans, F. / Wyns, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Sequential structural changes upon zinc and calcium binding to metal-free concanavalin A. 著者: Bouckaert, J. / Poortmans, F. / Wyns, L. / Loris, R. #1: ![]() タイトル: Crystallographic Structure of Metal-Free Concanavalin a at 2.5 Angstrom Resolution 著者: Bouckaert, J. / Loris, R. / Poortmans, F. / Wyns, L. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE MOST STRIKING FEATURE OF CONCANAVALIN A IS TWO LARGE BETA SHEETS IN THE STRUCTURE ...SHEET THE MOST STRIKING FEATURE OF CONCANAVALIN A IS TWO LARGE BETA SHEETS IN THE STRUCTURE COMPRISING 119 OF THE 237 AMINO ACIDS. THERE IS NO ALPHA HELIX. THE REMAINING AMINO ACIDS FORM A SERIES OF LOOPS AND TURNS. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 96.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 74.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25622.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: COBALT COMPLEX / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | COBALT ION IS PARTIALLY BOUND IN THE S1 SITE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5. | |||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Bouckaert, J., (1995) Proteins: Struct.,Funct., Genet., 23, 510. | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
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検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→10 Å / Num. obs: 12911 / % possible obs: 93.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / Num. measured all: 31839 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.8→10 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.25 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.207 / Rfactor Rfree: 0.2594 / Rfactor Rwork: 0.207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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