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- PDB-1ejb: LUMAZINE SYNTHASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ejb
タイトルLUMAZINE SYNTHASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE
要素LUMAZINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE / Lumazine synthase / Saccharomyces cerevisiae / X-ray structure analysis / Inhibitor complex / Vitamin biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / mitochondrial intermembrane space / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-INJ / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Meining, W. / Mortl, S. / Fischer, M. / Cushman, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The atomic structure of pentameric lumazine synthase from Saccharomyces cerevisiae at 1.85 A resolution reveals the binding mode of a phosphonate intermediate analogue.
著者: Meining, W. / Mortl, S. / Fischer, M. / Cushman, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R.
#1: ジャーナル: J.Org.Chem. / 年: 1999
タイトル: Design and Biological Evaluation of Homologous Phosphonic Acids and Sulfonic Acids as Inhibitors of Lumazine Synthase
著者: Cushman, M. / Mihalic, J.T. / Kis, K. / Bacher, A.
履歴
登録2000年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32013年1月16日Group: Structure summary
改定 1.42017年10月4日Group: Advisory / Refinement description
カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.name
改定 1.52024年2月7日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LUMAZINE SYNTHASE
B: LUMAZINE SYNTHASE
C: LUMAZINE SYNTHASE
D: LUMAZINE SYNTHASE
E: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,29810
ポリマ－92,2425
非ポリマー2,0575
水9,908550
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19650 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area30430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.893, 82.893, 298.842
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
LUMAZINE SYNTHASE


分子量: 18448.316 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PNCO113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P50861, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物
ChemComp-INJ / 5-(6-D-RIBITYLAMINO-2,4-DIHYDROXYPYRIMIDIN-5-YL)-1-PENTYL-PHOSPHONIC ACID


分子量: 411.345 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26N3O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: sodium phosphate, potassium phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
114 mg/mlprotein1drop
21 Msodium potassium phosphate1drop
31.9 Msodium potassium phosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.908
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.908 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 90091 / Num. obs: 89967 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.71 % / Biso Wilson estimate: 19.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 1.85→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
最低解像度: 9999 Å / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 510352
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.6 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.85→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 4547 5 %Random
Rwork0.197 ---
all0.197 90091 --
obs0.197 89967 99.97 %-
原子変位パラメータBiso mean: 22.094 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6470 0 135 550 7155
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.47
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg2.47
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_deg23.49
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_deg2.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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