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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ejb | ||||||
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タイトル | LUMAZINE SYNTHASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE | ||||||
![]() | LUMAZINE SYNTHASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Lumazine synthase / Saccharomyces cerevisiae / X-ray structure analysis / Inhibitor complex / Vitamin biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | ![]() 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / mitochondrial intermembrane space / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Meining, W. / Mortl, S. / Fischer, M. / Cushman, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The atomic structure of pentameric lumazine synthase from Saccharomyces cerevisiae at 1.85 A resolution reveals the binding mode of a phosphonate intermediate analogue. 著者: Meining, W. / Mortl, S. / Fischer, M. / Cushman, M. / Bacher, A. / Ladenstein, R. #1: ![]() タイトル: Design and Biological Evaluation of Homologous Phosphonic Acids and Sulfonic Acids as Inhibitors of Lumazine Synthase 著者: Cushman, M. / Mihalic, J.T. / Kis, K. / Bacher, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 185.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 148.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 43.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18448.316 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: PNCO113 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P50861, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase #2: 化合物 | ChemComp-INJ / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: sodium phosphate, potassium phosphate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 22 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→20 Å / Num. all: 90091 / Num. obs: 89967 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.71 % / Biso Wilson estimate: 19.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.87 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / % possible all: 99.6 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 9999 Å / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 510352 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.6 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.85→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 22.094 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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