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- PDB-1rvv: SYNTHASE/RIBOFLAVIN SYNTHASE COMPLEX OF BACILLUS SUBTILIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1rvv
タイトルSYNTHASE/RIBOFLAVIN SYNTHASE COMPLEX OF BACILLUS SUBTILIS
要素RIBOFLAVIN SYNTHASE
キーワードRIBOFLAVIN SYNTHASE / TRANSFERASE / FLAVOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-INI / PHOSPHATE ION / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ritsert, K. / Huber, R. / Turk, D. / Ladenstein, R. / Schmidt-Baese, K. / Bacher, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1995
タイトル: Studies on the lumazine synthase/riboflavin synthase complex of Bacillus subtilis: crystal structure analysis of reconstituted, icosahedral beta-subunit capsids with bound substrate ...タイトル: Studies on the lumazine synthase/riboflavin synthase complex of Bacillus subtilis: crystal structure analysis of reconstituted, icosahedral beta-subunit capsids with bound substrate analogue inhibitor at 2.4 A resolution.
著者: Ritsert, K. / Huber, R. / Turk, D. / Ladenstein, R. / Schmidt-Base, K. / Bacher, A.
履歴
登録1995年10月25日処理サイト: BNL
改定 1.01996年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOFLAVIN SYNTHASE
B: RIBOFLAVIN SYNTHASE
C: RIBOFLAVIN SYNTHASE
D: RIBOFLAVIN SYNTHASE
E: RIBOFLAVIN SYNTHASE
F: RIBOFLAVIN SYNTHASE
G: RIBOFLAVIN SYNTHASE
H: RIBOFLAVIN SYNTHASE
I: RIBOFLAVIN SYNTHASE
J: RIBOFLAVIN SYNTHASE
K: RIBOFLAVIN SYNTHASE
L: RIBOFLAVIN SYNTHASE
M: RIBOFLAVIN SYNTHASE
N: RIBOFLAVIN SYNTHASE
O: RIBOFLAVIN SYNTHASE
P: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Q: RIBOFLAVIN SYNTHASE
R: RIBOFLAVIN SYNTHASE
S: RIBOFLAVIN SYNTHASE
T: RIBOFLAVIN SYNTHASE
U: RIBOFLAVIN SYNTHASE
V: RIBOFLAVIN SYNTHASE
W: RIBOFLAVIN SYNTHASE
X: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Y: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Z: RIBOFLAVIN SYNTHASE
1: RIBOFLAVIN SYNTHASE
2: RIBOFLAVIN SYNTHASE
3: RIBOFLAVIN SYNTHASE
4: RIBOFLAVIN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)501,11390
ポリマ－489,07730
非ポリマー12,03660
水18,9161050
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: RIBOFLAVIN SYNTHASE
B: RIBOFLAVIN SYNTHASE
C: RIBOFLAVIN SYNTHASE
D: RIBOFLAVIN SYNTHASE
E: RIBOFLAVIN SYNTHASE
F: RIBOFLAVIN SYNTHASE
G: RIBOFLAVIN SYNTHASE
H: RIBOFLAVIN SYNTHASE
I: RIBOFLAVIN SYNTHASE
J: RIBOFLAVIN SYNTHASE
K: RIBOFLAVIN SYNTHASE
L: RIBOFLAVIN SYNTHASE
M: RIBOFLAVIN SYNTHASE
N: RIBOFLAVIN SYNTHASE
O: RIBOFLAVIN SYNTHASE
P: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Q: RIBOFLAVIN SYNTHASE
R: RIBOFLAVIN SYNTHASE
S: RIBOFLAVIN SYNTHASE
T: RIBOFLAVIN SYNTHASE
U: RIBOFLAVIN SYNTHASE
V: RIBOFLAVIN SYNTHASE
W: RIBOFLAVIN SYNTHASE
X: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Y: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Z: RIBOFLAVIN SYNTHASE
1: RIBOFLAVIN SYNTHASE
2: RIBOFLAVIN SYNTHASE
3: RIBOFLAVIN SYNTHASE
4: RIBOFLAVIN SYNTHASE
ヘテロ分子

A: RIBOFLAVIN SYNTHASE
B: RIBOFLAVIN SYNTHASE
C: RIBOFLAVIN SYNTHASE
D: RIBOFLAVIN SYNTHASE
E: RIBOFLAVIN SYNTHASE
F: RIBOFLAVIN SYNTHASE
G: RIBOFLAVIN SYNTHASE
H: RIBOFLAVIN SYNTHASE
I: RIBOFLAVIN SYNTHASE
J: RIBOFLAVIN SYNTHASE
K: RIBOFLAVIN SYNTHASE
L: RIBOFLAVIN SYNTHASE
M: RIBOFLAVIN SYNTHASE
N: RIBOFLAVIN SYNTHASE
O: RIBOFLAVIN SYNTHASE
P: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Q: RIBOFLAVIN SYNTHASE
R: RIBOFLAVIN SYNTHASE
S: RIBOFLAVIN SYNTHASE
T: RIBOFLAVIN SYNTHASE
U: RIBOFLAVIN SYNTHASE
V: RIBOFLAVIN SYNTHASE
W: RIBOFLAVIN SYNTHASE
X: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Y: RIBOFLAVIN SYNTHASE
Z: RIBOFLAVIN SYNTHASE
1: RIBOFLAVIN SYNTHASE
2: RIBOFLAVIN SYNTHASE
3: RIBOFLAVIN SYNTHASE
4: RIBOFLAVIN SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,002,226180
ポリマ－978,15460
非ポリマー24,072120
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area265510 Å2
ΔGint-1569 kcal/mol
Surface area243120 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)235.900, 192.600, 168.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 134.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 ...
RIBOFLAVIN SYNTHASE


分子量: 16302.567 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bacillus subtilis (枯草菌) / 参照: UniProt: P11998
#2: 化合物...
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物...
ChemComp-INI / 5-NITRO-6-RIBITYL-AMINO-2,4(1H,3H)-PYRIMIDINEDIONE


分子量: 306.229 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N4O8
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1050 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化
*PLUS
pH: 8.7 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15-8 mg/mlprotein1drop
20.8 Msodium/potassium phosphate1drop
31 mM5-nitro-6-ribitylamino-2,4(1H,3H)-pyrimidinedione1drop
41.55 Msodium/potassium phosphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射最高解像度: 2.4 Å / Observed criterion σ(I): 2
反射
*PLUS
Num. obs: 122010 / % possible obs: 51.2 % / Num. measured all: 18350500 / Rmerge(I) obs: 0.126

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化Rfactor Rwork: 0.237 / Rfactor obs: 0.237 / 最高解像度: 2.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34320 0 780 1050 36150
精密化
*PLUS
最低解像度: 10 Å / Num. reflection obs: 100092
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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