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- PDB-1di0: CRYSTAL STRUCTURE OF LUMAZINE SYNTHASE FROM BRUCELLA ABORTUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1di0
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF LUMAZINE SYNTHASE FROM BRUCELLA ABORTUS
要素LUMAZINE SYNTHASE
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Braden, B.C. / Velikovsky, C.A. / Cauerhff, A.A. / Polikarpov, I. / Goldbaum, F.A.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: Divergence in macromolecular assembly: X-ray crystallographic structure analysis of lumazine synthase from Brucella abortus.
著者: Braden, B.C. / Velikovsky, C.A. / Cauerhff, A.A. / Polikarpov, I. / Goldbaum, F.A.
#1: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Lumazine Synthase from Brucella abortus
著者: Goldbaum, F.A. / Polikarpov, I. / Cauerhff, A.A. / Velikovsky, C.A. / Braden, B.C. / Poljak, R.J.
履歴
登録1999年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LUMAZINE SYNTHASE
B: LUMAZINE SYNTHASE
C: LUMAZINE SYNTHASE
D: LUMAZINE SYNTHASE
E: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,93418
ポリマ－86,6995
非ポリマー1,23513
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15470 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area27220 Å2
手法PISA
2
A: LUMAZINE SYNTHASE
B: LUMAZINE SYNTHASE
C: LUMAZINE SYNTHASE
D: LUMAZINE SYNTHASE
E: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子

A: LUMAZINE SYNTHASE
B: LUMAZINE SYNTHASE
C: LUMAZINE SYNTHASE
D: LUMAZINE SYNTHASE
E: LUMAZINE SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,86736
ポリマ－173,39810
非ポリマー2,46926
水18010
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_556y,x,-z+11
Buried area38780 Å2
ΔGint-437 kcal/mol
Surface area46610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.250, 142.250, 242.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
詳細Pentameric assembly of lumazine synthase monomers.

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要素

#1: タンパク質
LUMAZINE SYNTHASE


分子量: 17339.795 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61711
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.78 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 0.1M phoshate buffer, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
Temp details: ambient
結晶化
*PLUS
pH: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
11.25 Mammonium sulfate1reservoir
20.1 Mphosphate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.38
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.38 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2.7 Å / Num. all: 26193 / Num. obs: 20404 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.08
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.09

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.7→150 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 1998 -
Rwork0.18 --
all0.18 --
obs0.18 20404 90 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→150 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5706 0 65 47 5818
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 150 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rfree: 0.23 / Rfactor Rwork: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.034
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.56
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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