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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ehl | ||||||
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タイトル | 64M-2 ANTIBODY FAB COMPLEXED WITH D(5HT)(6-4)T | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / IMMUNOGLOBULIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA PHOTOPRODUCT | ||||||
機能・相同性 | ![]() immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / blood microparticle / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the 64M-2 antibody Fab fragment in complex with a DNA dT(6-4)T photoproduct formed by ultraviolet radiation. 著者: Yokoyama, H. / Mizutani, R. / Satow, Y. / Komatsu, Y. / Ohtsuka, E. / Nikaido, O. #1: ![]() タイトル: Simultaneous Establishment of Monoclonal Antibodies Specific for Either Cyclobutane Pyrimidine Dimer or (6-4)photoproduct from the Same Mouse Immunized with Ultraviolet-Irradiated DNA 著者: Mori, T. / Nakane, M. / Hattori, T. / Matsunaga, T. / Ihara, M. / Nikaido, O. #2: ![]() タイトル: Antibodies Specific for (6-4) DNA Photoproducts: Cloning, Antibody Modeling and Construction of a Single-Chain Fv Derivative 著者: Morioka, H. / Miura, H. / Kobayashi, H. / Koizumi, T. / Fujii, K. / Asano, K. / Matsunaga, T. / Nikaido, O. / Stewart, J.D. / Ohtsuka, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 435.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 501.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purified from ultraviolet-radiated dTpT |
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#2: 抗体 | 分子量: 23891.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: 抗体 | 分子量: 23522.301 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, nickel chloride, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / PH range low: 8.4 / PH range high: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→28.7 Å / Num. all: 77929 / Num. obs: 18790 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.221 / Num. unique all: 1571 / % possible all: 79.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 77929 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 79.1 % / Num. unique obs: 1571 / Num. measured obs: 4271 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.4→10 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 1 / % reflection Rfree: 10 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 2.49 Å / Rfactor Rfree: 0.359 / Rfactor obs: 0.296 |