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万見
- PDB-1eej: CRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTEIN DISULFIDE BOND ISOMERASE, DSBC, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eej
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE PROTEIN DISULFIDE BOND ISOMERASE, DSBC, FROM ESCHERICHIA COLI
要素THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN
キーワードISOMERASE / OXIDOREDUCTASE / PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE / PROTEIN FOLDING / REDOX PROTEIN / REDOX-ACTIVE CENTER
機能・相同性
機能・相同性情報


response to copper ion / protein disulfide isomerase activity / protein-disulfide reductase activity / : / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase DsbC/G, N-terminal domain superfamily / Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase, DsbC/G / Disulfide bond isomerase protein N-terminal domain / : / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. ...Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase DsbC/G, N-terminal domain superfamily / Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase, DsbC/G / Disulfide bond isomerase protein N-terminal domain / : / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Thiol:disulfide interchange protein DsbC / Thiol:disulfide interchange protein DsbC
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者McCarthy, A.A. / Haebel, P.W. / Torronen, A. / Rybin, V. / Baker, E.N. / Metcalf, P.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the protein disulfide bond isomerase, DsbC, from Escherichia coli.
著者: McCarthy, A.A. / Haebel, P.W. / Torronen, A. / Rybin, V. / Baker, E.N. / Metcalf, P.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1996
タイトル: CRYSTALLIZATION OF DSBC, THE DISULFIDE BOND ISOMERASE FROM ESCHERICHIA COLI
著者: RYBIN, V. / ZAPUN, A. / TORRONEN, A. / RAINA, S. / MISSIAKAS, D. / CREIGHTON, T. / METCALF, P.
履歴
登録2000年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN
B: THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1713
ポリマ－46,9762
非ポリマー1951
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.336, 78.149, 94.489
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a dimer

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要素

#1: タンパク質 THIOL:DISULFIDE INTERCHANGE PROTEIN / PROTEIN DISULFIDE-ISOMERASE / DSBC


分子量: 23488.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: PERIPLASM / 発現宿主: Bacteria (unknown)
参照: UniProt: P21892, UniProt: P0AEG6*PLUS, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 550 (MME), MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
225 %PEG40001reservoir
350 %isopropanol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 561577 / Num. obs: 35436 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 24.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Num. unique all: 3468 / % possible all: 99.5
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 1.9→29.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 865666.6 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 3394 10 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.214 35330 --
obs0.214 34017 96.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 79.08 Å2 / ksol: 0.43 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.91 Å20 Å20 Å2
2--6.84 Å20 Å2
3---0.07 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.18 Å0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3280 0 12 217 3509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.021.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.92
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it32
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it4.322.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 515 9.7 %
Rwork0.245 4806 -
obs--92 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4CIS_PEPTIDE.P
X-RAY DIFFRACTION5MES.PAR
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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