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- PDB-4mly: Disulfide isomerase from multidrug resistance IncA/C related inte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mly
タイトルDisulfide isomerase from multidrug resistance IncA/C related integrative and conjugative elements in oxidized state (P21 space group)
要素DsbP
キーワードISOMERASE / DsbC / DsbG / folding and assembly / bacterial conjugation / horizontal gene transfer / domain swapping / thioredoxin fold / bacterial periplasmic space
機能・相同性
機能・相同性情報


Disulphide bond isomerase DsbC/G, N-terminal domain superfamily / Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase, DsbC/G / Disulfide bond isomerase protein N-terminal domain / : / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Disulphide bond isomerase DsbC/G, N-terminal domain superfamily / Disulphide bond isomerase, DsbC/G, N-terminal / Disulphide bond isomerase, DsbC/G / Disulfide bond isomerase protein N-terminal domain / : / Thioredoxin-like domain / Thioredoxin-like fold / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-BUTANEDIOL / Thiol:disulfide interchange protein
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus mirabilis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.207 Å
データ登録者Premkumar, L. / Kurth, F. / Neyer, S. / Martin, J.L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: The Multidrug Resistance IncA/C Transferable Plasmid Encodes a Novel Domain-swapped Dimeric Protein-disulfide Isomerase.
著者: Premkumar, L. / Kurth, F. / Neyer, S. / Schembri, M.A. / Martin, J.L.
履歴
登録2013年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DsbP
B: DsbP
C: DsbP
D: DsbP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,9607
ポリマ－95,6904
非ポリマー2703
水6,377354
1
A: DsbP
D: DsbP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8452
ポリマ－47,8452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4380 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
2
B: DsbP
C: DsbP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,1155
ポリマ－47,8452
非ポリマー2703
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4550 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area20870 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16110 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area34200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.580, 110.460, 74.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.10, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
DsbP / DsbP thiol:disulfide interchange protein / plasmid or integrative and conjugative elements encoded ...DsbP thiol:disulfide interchange protein / plasmid or integrative and conjugative elements encoded disulfide isomerase


分子量: 23922.439 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 22-235 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus mirabilis (バクテリア) / 遺伝子: dsbC, DsbP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: D0FZX2, protein disulfide-isomerase
#2: 化合物 ChemComp-BU2 / 1,3-BUTANEDIOL / (S)-1,3-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10% PEG4000, 20% v/v glycerol, 0.1 M MES/imidazole, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM 1,2-propanediol (racemic), 20 mM 2-propanol, 20 mM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol , pH ...詳細: 10% PEG4000, 20% v/v glycerol, 0.1 M MES/imidazole, 20 mM 1,6-hexanediol, 20 mM 1-butanol, 20 mM 1,2-propanediol (racemic), 20 mM 2-propanol, 20 mM 1,4-butanediol, 20 mM 1,3-propanediol , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月25日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.207→42.79 Å / Num. all: 43861 / Num. obs: 43861 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 34.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.207→2.27 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.244 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 3564 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceICEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.207→35.081 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2338 2227 5.08 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
all0.1887 43816 --
obs0.1887 43816 99.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.207→35.081 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6163 0 18 354 6535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0156373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5128604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5192398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091114
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.207-2.2550.33961180.27332406X-RAY DIFFRACTION92
2.255-2.30740.3021450.24282551X-RAY DIFFRACTION99
2.3074-2.36510.28461260.21772613X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.42910.26421480.21462593X-RAY DIFFRACTION100
2.4291-2.50050.2821350.20142626X-RAY DIFFRACTION100
2.5005-2.58120.29391260.20892602X-RAY DIFFRACTION100
2.5812-2.67340.26041410.2052605X-RAY DIFFRACTION100
2.6734-2.78040.25651440.20612611X-RAY DIFFRACTION100
2.7804-2.90690.26531410.19782618X-RAY DIFFRACTION100
2.9069-3.06010.24861370.20352614X-RAY DIFFRACTION100
3.0601-3.25170.23021460.19692611X-RAY DIFFRACTION100
3.2517-3.50250.22831460.18282608X-RAY DIFFRACTION100
3.5025-3.85460.23231530.17232601X-RAY DIFFRACTION100
3.8546-4.41150.19981320.15162645X-RAY DIFFRACTION100
4.4115-5.55440.1911520.15272625X-RAY DIFFRACTION100
5.5544-35.0850.22331370.19452660X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4571-1.95820.26663.5929-1.7671.21790.13490.31-0.1825-0.27110.050.41950.0478-0.1799-0.13320.2256-0.0697-0.05330.24540.0020.2741-9.13354.5599-37.8223
21.52160.139-1.74051.40160.13783.8457-0.18460.1824-0.1397-0.361-0.0704-0.10180.45230.1520.24460.3422-0.0349-0.00470.51170.0440.2743-12.8706-19.5876-44.4515
33.34830.44410.68940.8932-0.09461.8652-0.0844-0.37960.46140.16640.12350.0789-0.2302-0.1917-0.03090.27060.00930.0440.2635-0.10470.2665-10.4786-2.2864-10.0123
43.6602-0.41720.26132.20590.06661.79670.0611-0.5468-0.95710.2827-0.01860.26770.3515-0.2524-0.01020.2673-0.0896-0.03990.15690.06240.4182-7.7465-25.2305-15.219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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