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- PDB-1eau: NONPEPTIDIC INHIBITORS OF HUMAN LEUKOCYTE ELASTASE. 6. DESIGN OF ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eau
タイトルNONPEPTIDIC INHIBITORS OF HUMAN LEUKOCYTE ELASTASE. 6. DESIGN OF A POTENT, INTRATRACHEALLY ACTIVE, PYRIDONE-BASED TRIFLUOROMETHYL KETONE
要素PORCINE PANCREATIC ELASTASE
キーワードHYDROLASE (SERINE PROTEASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic elastase / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BDK / Chymotrypsin-like elastase family member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ceccarelli, C.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1995
タイトル: Nonpeptidic inhibitors of human leukocyte elastase. 6. Design of a potent, intratracheally active, pyridone-based trifluoromethyl ketone.
著者: Bernstein, P.R. / Gomes, B.C. / Kosmider, B.J. / Vacek, E.P. / Williams, J.C.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Nonpeptidic Inhibitors of Human Leukocyte Elastase. 5. Design, Synthesis, and X-Ray Crystallography of a Series of Orally Active 5-Amino-Pyrimidin-6-One-Containing Trifluoromethylketones
著者: Veale, C.A. / Bernstein, P.R. / Bryant, C. / Ceccarelli, C. / Damewood, J.R. / Earley, R. / Feeney, S.W. / Gomes, B. / Kosmider, B.J. / Steelman, G.B. / Thomas, R.M. / Vacek, E.P. / Williams, ...著者: Veale, C.A. / Bernstein, P.R. / Bryant, C. / Ceccarelli, C. / Damewood, J.R. / Earley, R. / Feeney, S.W. / Gomes, B. / Kosmider, B.J. / Steelman, G.B. / Thomas, R.M. / Vacek, E.P. / Williams, J.C. / Wolanin, D.J. / Woolson, S.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: Nonpeptidic Inhibitors of Human Leukocyte Elastase. 4. Design, Synthesis,in Vitro, and in Vivo Activity of a Series of Beta-Carbolinone-Containing Trifluoromethyl Ketones
著者: Veale, C.A. / Damewood, J.R. / Steelman, G.B. / Bryant, C. / Gomes, B. / Williams, J.
#3: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1994
タイトル: Nonpeptidic Inhibitors of Human Leukocyte Elastase. 3. Design, Synthesis, X-Ray Crystallographic Analysis, and Structure-Activity Relationships for a Series of Orally Active 3-Amino-6- ...タイトル: Nonpeptidic Inhibitors of Human Leukocyte Elastase. 3. Design, Synthesis, X-Ray Crystallographic Analysis, and Structure-Activity Relationships for a Series of Orally Active 3-Amino-6-Phenylpyridin-2-One Trifluoromethyl Ketones
著者: Bernstein, P.R. / Andisik, D. / Bradley, P.K. / Bryant, C.B. / Ceccarelli, C. / Damewood, J.R. / Earley, R. / Edwards, P.D. / Feeney, S. / Gomes, B.C. / Kosmider, B.J. / Steelman, G.B. / ...著者: Bernstein, P.R. / Andisik, D. / Bradley, P.K. / Bryant, C.B. / Ceccarelli, C. / Damewood, J.R. / Earley, R. / Edwards, P.D. / Feeney, S. / Gomes, B.C. / Kosmider, B.J. / Steelman, G.B. / Thomas, R.M. / Vacek, E.P. / Veale, C.A. / Williams, J.C. / Wolanin, D.J. / Woolson, S.A.
#4: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1994
タイトル: Nonpeptidic Inhibitors of Human Leukocyte Elastase. 2. Design, Synthesis and in Vitro Activity of a Series of 3-Amino-6-Arylpyridin-2-One Trifluoromethyl Ketones
著者: Damewood, J.R. / Edwards, P.D. / Feeney, S. / Gomes, B.C. / Steelman, G.B. / Tuthill, P.A. / Warner, P. / Williams, J.C. / Woolson, S.A. / Wolanin, D. / Veale, C.
#5: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1994
タイトル: Nonpeptidic Inhibitors of Human Leukocyte Elastase. 1. The Design and Synthesis of Pyridone-Containing Inhibitors
著者: Warner, P. / Green, R.C. / Gomes, B.C. / Williams, J.C.
#6: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 1994
タイトル: Design of Orally Active, Nonpeptidic Inhibitors of Human Leukocyte Elastase
著者: Brown, F.J. / Andisik, D.W. / Bernstein, P.R. / Bryant, C.B. / Ceccarelli, C. / Damewood, J.R. / Edwards, P.D. / Earley, R. / Feeney, S.W. / Green, R.C. / Gomes, B. / Kosmider, B.J. / Krell, ...著者: Brown, F.J. / Andisik, D.W. / Bernstein, P.R. / Bryant, C.B. / Ceccarelli, C. / Damewood, J.R. / Edwards, P.D. / Earley, R. / Feeney, S.W. / Green, R.C. / Gomes, B. / Kosmider, B.J. / Krell, R. / Shaw, A. / Steelman, G.B. / Thomas, R.M. / Vacek, E.P. / Veale, C.A. / Tuthill, P.A. / Warner, P. / Williams, J.C. / Wolanin, D.J. / Woolson, S.A.
#7: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1992
タイトル: Design, Synthesis, and Kinetic Evaluation of a Unique Class of Elastase Inhibitors, the Peptidyl Alpha-Ketobenzoxazoles,and the X-Ray Crystal Structure of the Covalent Complex between ...タイトル: Design, Synthesis, and Kinetic Evaluation of a Unique Class of Elastase Inhibitors, the Peptidyl Alpha-Ketobenzoxazoles,and the X-Ray Crystal Structure of the Covalent Complex between Porcine Pancreatic Elastase and Ac-Ala-Pro-Val-2-Benzoxazole
著者: Edwards, P.D. / Meyer, E.F. / Vijayalakshmi, J. / Tuthill, P.A. / Andisik, D.A. / Gomes, B. / Strimpler, A.
#8: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1989
タイトル: Crystal Structure of the Covalent Complex Formed by a Peptidyl Alpha,Alpha-Difluoro-Beta-Keto Amide with Porcine Pancreatic Elastase at 1.78-Angstrom Resolution
著者: Takahashi, L.H. / Radhakrishnan, R. / Rosenfield, R.E. / Meyer, E.F. / Trainor, D.A.
#9: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1988
タイトル: X-Ray Diffraction Analysis of the Inhibition of Porcine Pancreatic Elastase by a Peptidyl Trifluoromethylketone
著者: Takahashi, L.H. / Radhakrishnan, R. / Rosenfield, R.E. / Meyer, E.F. / Trainor, D.A. / Stein, M.
履歴
登録1994年11月22日処理サイト: BNL
改定 1.01995年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_sheet / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PORCINE PANCREATIC ELASTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5884
ポリマ－25,9281
非ポリマー6603
水2,288127
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.850, 58.310, 75.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PORCINE PANCREATIC ELASTASE


分子量: 25928.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: P00772, pancreatic elastase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-BDK / 2-[5-AMINO-6-OXO-2-(2-THIENYL)-1,6-DIHYDROPYRIMIDIN-1-YL)-N-[3,3-DIFLUORO -1-ISOPROPYL-2-OXO-3-(N-(2-MORPHOLINO ETHYL)CARBAMOYL]PROPYL]ACETAMIDE


分子量: 540.583 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H30F2N6O5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細C2 OF HET GROUP TFK IS COVALENTLY BONDED TO O-GAMMA OF SER 195.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.12 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射Num. obs: 10565 / % possible obs: 67 % / Observed criterion σ(F): 2

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→10 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数
Rwork0.161 -
obs0.161 9545
原子変位パラメータBiso mean: 18.4 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1822 0 43 127 1992
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.57
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.161 / Rfactor Rwork: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d1.561.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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