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万見
- PDB-1e68: Solution structure of bacteriocin AS-48 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1.0E+68
タイトルSolution structure of bacteriocin AS-48
要素AS-48 PROTEIN
キーワードANTIBIOTIC / BACTERIOCINS / CATIONIC ANTIBACTERIAL PEPTIDES / FIVE-HELIX GLOBULE / CYCLIC POLYPEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriocin AS-48 / Bacteriocin AS-48 / Circular bacteriocin / Bacteriocin class IId cyclical uberolysin-like / Bacteriocin As-48; Chain A / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法溶液NMR / RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS
データ登録者Gonzalez, C. / Langdon, G. / Bruix, M. / Galvez, A. / Valdivia, E. / Maqueda, M. / Rico, M.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2000
タイトル: Bacteriocin as-48, a Microbial Cyclic Polypeptide Structurally and Functionally Related to Mammalian Nk-Lysin
著者: Gonzalez, C. / Langdon, G. / Bruix, M. / Galvez, A. / Valdivia, E. / Maqueda, M. / Rico, M.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1998
タイトル: Sequence-Specific 1H Assignment and Secondary Structure of the Bacteriocin as-48 Cyclic Peptide
著者: Langdon, G. / Bruix, M. / Galvez, A. / Valdivia, E. / Maqueda, M. / Rico, M.
履歴
登録2000年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月3日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AS-48 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,1781
ポリマ－7,1781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20NONE
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 AS-48 PROTEIN / BACTERIOCIN AS-4 / PEPTIDE ANTIBIOTIC AS-48


分子量: 7177.538 Da / 分子数: 1 / 断片: BACTERIOCIN AS-48, RESIDUES 36-105 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PEPTIDE LINK BETWEEN RESIDUES 1 AND 70 / 由来: (天然) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / プラスミド: PMB2 / 参照: UniProt: Q47765
構成要素の詳細PEPTIDE LINK BETWEEN RESIDUES 1 AND 70

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121COSY
131TOCSY

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試料調製

試料状態pH: 3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DYANA-1.5, GROMOSGROMOSP. GUNTERT ET AL. (DYANA-1.5), VAN GUNSTEREN ET AL. (GROMOS)精密化
DYANA構造決定
GROMOS構造決定
精密化手法: RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NONE / 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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