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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e5a | ||||||
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タイトル | Structure of human transthyretin complexed with bromophenols: a new mode of binding | ||||||
![]() | TRANSTHYRETIN | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / TRANSPORT(THYROXINE) / ENVIRONMENTAL POLLUTANTS | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghosh, M. / Meerts, I.A.T.M. / Cook, A. / Bergman, A. / Brouwer, A. / Johnson, L.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of Human Transthyretin Complexed with Bromophenols : A New Mode of Binding 著者: Ghosh, M. / Meerts, I.A.T.M. / Cook, A. / Bergman, A. / Brouwer, A. / Johnson, L.N. #1: ![]() タイトル: Structure of Prealbumin: Secondary,Tertiary and Quaternary Interactions Determined by Fourier Refinment at 1.8A. 著者: Blake, C.C.F. / Geisow, M.J. / Oatley, S.J. / Rerat, C. / Rerat, B. #2: ジャーナル: Nature / 年: 1977 タイトル: Protein-DNA and Protein-Hormone Interactions in Prealbumin : A Model of the Thyroid Hormone Nuclear Receptor ? 著者: Blake, C.C.F. / Oatley, S.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 61.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 443.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 446.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.9913, -0.1309, 0.0143), ベクター: 詳細 | THIS COORDINATE SET COMPRISES TWO CHAINS REPRESENTING TWO CHEMICALLY EQUIVALENT, BUT CRYSTALLOGRAPHICALLY DISTINCT, ENTITIES. THE OTHER HALF OF THE COMPLETE TETRAMER MAY BEGENERATED FROM THIS DIMER BY THE APPLICATION OF THE CRYSTALLOGRAPHIC TWO-FOLD AXIS PARALLEL TO Z THROUGH THE ORIGIN OF THIS COORDINATE SYSTEM. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13777.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | FUNCTION: THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN. PROBABLY TRANSPORTS THYROXINE FROM THE BLOODSTREAM TO ...FUNCTION: THYROID HORMONE-BINDING PROTEIN. PROBABLY TRANSPORTS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 295 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月15日 / 詳細: YALE MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→20 Å / Num. obs: 20818 / % possible obs: 92.7 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rsym value: 0.048 / Net I/σ(I): 29.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.88 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.345 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Rsym value: 0.345 / % possible all: 92.8 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 249678 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.8 % / Num. unique obs: 2543 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TTA 解像度: 1.8→20 Å / Data cutoff high absF: 0 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE TRIBROMOPHENOL MOLECULE IS LOCATED NEAR THE THYROXINE BINDING SITE BUT NOT SYMMETRICALLY ON THE CRYSTALLOGRAPHIC Z AXIS AS IS THE CASE FOR A SIMILAR COMPOUND PENTABROMOPHENOL. THERE ARE ...詳細: THE TRIBROMOPHENOL MOLECULE IS LOCATED NEAR THE THYROXINE BINDING SITE BUT NOT SYMMETRICALLY ON THE CRYSTALLOGRAPHIC Z AXIS AS IS THE CASE FOR A SIMILAR COMPOUND PENTABROMOPHENOL. THERE ARE TWO SYMMETRY EQUIVALENT POSITIONS ABOUT THE TWO FOLD AXIS, EACH WITH AN OCCUPANCY .5 AT EACH OF THE BINDING SITES. WATER MOLECULES W91, W306, W336 LOCATED ON THE SAME SYMMETRY AXIS WERE KEPT FIXED IN POSITION DURING THE REFINEMENT. RESIDUES 1-9 AND 126-127 OF BOTH THE CHAINS WERE NOT OBSERVED IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 18.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.94 Å / Total num. of bins used: 5
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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