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- PDB-1e4e: D-alanyl-D-lacate ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e4e
タイトルD-alanyl-D-lacate ligase
要素(VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN ...) x 2
キーワードLIGASE / CELL WALL / ANTIBIOTIC RESISTANCE / MEMBRANE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


D-alanine-(R)-lactate ligase / D-alanine-D-alanine ligase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain ...D-alanine--D-alanine ligase/VANA/B/C, conserved site / D-alanine--D-alanine ligase / D-alanine--D-alanine ligase, N-terminal domain / D-ala D-ala ligase N-terminus / D-alanine--D-alanine ligase signature 1. / D-alanine--D-alanine ligase signature 2. / D-alanine--D-alanine ligase, C-terminal / D-ala D-ala ligase C-terminus / Rossmann fold - #20 / ATP-grasp fold, A domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Dna Ligase; domain 1 / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Chem-PHY / Vancomycin/teicoplanin A-type resistance protein VanA
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Roper, D.I.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2000
タイトル: The molecular basis of vancomycin resistance in clinically relevant Enterococci: crystal structure of D-alanyl-D-lactate ligase (VanA).
著者: Roper, D.I. / Huyton, T. / Vagin, A. / Dodson, G.
履歴
登録2000年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月21日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32019年10月9日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / reflns_shell
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf ..._exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA
B: VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,27327
ポリマ－75,1932
非ポリマー3,07925
水6,395355
1
A: VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA
B: VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA
ヘテロ分子

A: VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA
B: VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,54554
ポリマ－150,3864
非ポリマー6,15950
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area22480 Å2
ΔGint-282.1 kcal/mol
Surface area47970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.204, 225.359, 72.439
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.57983, -0.49666, -0.64586), (-0.47548, -0.43744, 0.76326), (-0.6616, 0.74965, 0.01748)
ベクター: 96.74762, 45.15613, 28.34869)

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要素

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VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA / D-ALANINE--D-LACTATE LIGASE / VANA LIGASE


分子量: 37575.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
株: BM41417 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: VANA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25051, D-alanine-(R)-lactate ligase
#2: タンパク質 VANCOMYCIN/TEICOPLANIN A-TYPE RESISTANCE PROTEIN VANA / D-ALANINE--D-LACTATE LIGASE / VANA LIGASE


分子量: 37618.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECIUM (バクテリア)
株: BM41417 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: VANA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P25051, D-alanine-(R)-lactate ligase

-
非ポリマー , 6種, 380分子

#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-PHY / 1(S)-AMINOETHYL-(2-CARBOXYPROPYL)PHOSPHORYL-PHOSPHINIC ACID


分子量: 275.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15NO7P2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細CHAIN A AND CHAIN B DIFFER AT RESIDUE 298

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.13 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
140-45 %ammonium sulfate1reservoir
20.1 MMOPS1reservoirpH6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器日付: 1998年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→15 Å / Num. obs: 32814 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 41.66 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29.9
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 96.6
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.5 Å / % possible obs: 96.6 % / Rmerge(I) obs: 0.217 / Mean I/σ(I) obs: 4.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1IOW

1iow


解像度: 2.5→15 Å / SU B: 0.191 / SU ML: 0.189 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.39 / ESU R Free: 0.29
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 1664 5 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs-32814 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20 Å20 Å2
2---1.3 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5210 0 185 355 5750
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0280.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.490.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0520.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it2.0332
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it3.1413
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.6052
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.8743
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0270.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1730.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2040.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3080.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2250.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor4.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor19.615
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor28.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor15
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 15 Å / Rfactor obs: 0.183 / Rfactor Rfree: 0.284 / Rfactor Rwork: 0.205
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.039

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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