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万見
- PDB-1e3t: Solution Structure of the NADP(H) binding Component (dIII) of Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e3t
タイトルSolution Structure of the NADP(H) binding Component (dIII) of Proton-Translocating Transhydrogenase from Rhodospirillum rubrum
要素NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE (SUBUNIT BETA)
キーワードTRANSHYDROGENASE / MEMBRANE PROTEIN / PROTON TRANSLOCATION / NUCLEOTIDE BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase activity / proton-translocating NAD(P)+ transhydrogenase / membrane => GO:0016020 / NADP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NADP transhydrogenase, beta subunit / NADP transhydrogenase beta-like domain / NAD(P) transhydrogenase beta subunit / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NAD(P) transhydrogenase subunit beta / NAD(P) transhydrogenase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種RHODOSPIRILLUM RUBRUM (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsMINIMIZED AVERAGE
データ登録者Jeeves, M. / Smith, K.J. / Quirk, P.G. / Cotton, N.P.J. / Jackson, J.B.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2000
タイトル: Solution Structure of the Nadp(H)-Binding Component (Diii) of Proton-Translocating Transhydrogenase from Rhodospirillum Rubrum
著者: Jeeves, M. / Smith, K.J. / Quirk, P.G. / Cotton, N.P.J. / Jackson, J.B.
履歴
登録2000年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE (SUBUNIT BETA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2292
ポリマ－21,4861
非ポリマー7431
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 100AVERAGE OF 10 LOWEST ENERGY STRUCTURES
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 NICOTINAMIDE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE (SUBUNIT BETA) / DIII / NAD(P)(+) TRANSHYDROGENASE (B-SPECIFIC) / PYRIDINE NUCLEOTIDE TRANSHYDROGENASE


分子量: 21485.510 Da / 分子数: 1 / 断片: NADP(H) BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) RHODOSPIRILLUM RUBRUM (バクテリア)
遺伝子: PNTB / プラスミド: PET11C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q59765, UniProt: Q2RSB4*PLUS, EC: 1.6.1.1
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11113C
12115N RESOLVED NOESYS
NMR実験の詳細Text: AVERAGE STRUCTURE. THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING TRIPLE-RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON UNLABELLED, 15N LABELLED AND 13C, 15N-LABELLED DIII.

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試料調製

試料状態イオン強度: 20 MM HEPES / pH: 7.2 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian UNITY / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851BRUNGER精密化
ARIA IN XPLOR3.851構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE BBA REFERNCE CITED.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: AVERAGE OF 10 LOWEST ENERGY STRUCTURES
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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