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- PDB-2hw2: Crystal structure of Rifampin ADP-ribosyl transferase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hw2
タイトルCrystal structure of Rifampin ADP-ribosyl transferase in complex with Rifampin
要素Rifampin ADP-ribosyl transferase
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN-ANTIBIOTIC COMPLEX / ADP-RIBOSYLATION / RIFAMPIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity
類似検索 - 分子機能
Rifampin ADP-ribosyltransferase domain / Rifampin ADP-ribosyltransferase / Rifampin ADP-ribosyltransferase superfamily / Rifampin ADP-ribosyl transferase / ADP-ribosylation fold / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCINE / RIFAMPICIN / Rifampin ADP-ribosyl transferase / Rifampin ADP-ribosyl transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Baysarowich, J. / Wright, G.D. / Junop, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Rifamycin antibiotic resistance by ADP-ribosylation: Structure and diversity of Arr.
著者: Baysarowich, J. / Koteva, K. / Hughes, D.W. / Ejim, L. / Griffiths, E. / Zhang, K. / Junop, M. / Wright, G.D.
履歴
登録2006年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Other
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Remark 999SEQUENCE The difference in sequence is due to a different strain of Mycobacterium smegmatis mc2-155 ...SEQUENCE The difference in sequence is due to a different strain of Mycobacterium smegmatis mc2-155 used for crystallization (Alexander, D., Jones, J., and Liu, J. (2003) Antimicrobial Agents and Chemotherapy, 47, 3208-3213)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rifampin ADP-ribosyl transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8494
ポリマ－15,8761
非ポリマー9733
水4,576254
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.663, 61.041, 45.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.81, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1275-

HOH

詳細The biological unit is a monomer.

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要素

#1: タンパク質 Rifampin ADP-ribosyl transferase


分子量: 15875.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: arr / プラスミド: pET22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O67972, UniProt: A0QRS5*PLUS, NAD+ ADP-ribosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#3: 化合物 ChemComp-RFP / RIFAMPICIN


分子量: 822.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H58N4O12 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: 30% MPD, 5% PEG 8000, 0.005M magesium chloride, 0.001M rifampin, 0.03M glycylglycine, 0.05M tris, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月11日
放射モノクロメーター: Silicon 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→30.18 Å / Num. all: 26649 / Num. obs: 26649 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.544 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 2578 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→30.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.501 / SU ML: 0.027 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18546 1342 5 %RANDOM
Rwork0.13421 ---
obs0.13698 25293 97.95 %-
all-25293 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.554 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å2-0.85 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→30.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1080 0 68 254 1402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1862.0241663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6835148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.26623.21456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20715191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6931512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02962
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.2597
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.320.2837
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1880.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3230.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4781.5727
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.32521145
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4923610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1964.5514
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.486 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 85 -
Rwork0.143 1847 -
obs--95.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.92020.6414-0.00371.5162-0.34911.0968-0.08580.0232-0.0014-0.05510.0176-0.1142-0.05680.1070.0682-0.06320.0022-0.0074-0.054-0.0012-0.0613-16.4841.868-10.31
221.07756.798-7.701314.06772.73125.1041-0.4366-0.7064-0.2625-0.47340.3650.2567-0.01670.4670.07160.06520.0137-0.01610.059-0.00480.0626-19.9082.959-13.854
30.50930.4492-0.27860.5817-0.18270.7514-0.04630.0001-0.0202-0.04570.0275-0.0369-0.01510.05860.01880.05320.0059-0.0050.0631-0.01160.0532-17.042.437-10.959
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 143
2X-RAY DIFFRACTION1A1200
3X-RAY DIFFRACTION2A144 - 145
4X-RAY DIFFRACTION3A1201 - 1454

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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