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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3h6r | ||||||
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タイトル | Clitocypin, a beta-trefoil cysteine protease inhibitor | ||||||
![]() | (Clitocypin analog) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Clitocypin / cysteine proteinase inhibitor / Kunitz inhibitor / beta trefoil / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | Proteinase inhibitor I48, clitocypin / Peptidase inhibitor clitocypin / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / Mainly Beta / Clitocypin-2![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Renko, M. / Sabotic, J. / Brzin, J. / Turk, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Versatile loops in mycocypins inhibit three protease families. 著者: Renko, M. / Sabotic, J. / Mihelic, M. / Brzin, J. / Kos, J. / Turk, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 58.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 442.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16810.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Isolated from fruit bodies 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q3Y9I4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 16909.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q3Y9I4 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.42 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.76 詳細: 50 mM monopotassium dihydrogen phosphate, 20%(w/v) polyethylene glycol 8000, pH 3.76, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月13日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→50 Å / Num. all: 21569 / Num. obs: 21089 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.026 / Χ2: 0.761 / Net I/σ(I): 63.126 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.01 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Mean I/σ(I) obs: 16.8 / Num. unique all: 1828 / Χ2: 0.727 / % possible all: 85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.948→30 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso max: 95.89 Å2 / Biso mean: 28.465 Å2 / Biso min: 6.61 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.948→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.948→2.02 Å /
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