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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dyu | ||||||
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タイトル | The active site base controls cofactor reactivity in Escherichia coli amine oxidase: X-ray crystallographic studies with mutational variants. | ||||||
![]() | COPPER AMINE OXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / TPQ / COPPER AMINE OXIDASE / EC 1.4.3.4 / WILDTYPE / CATALYTIC BASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() phenylethylamine catabolic process / primary-amine oxidase / aliphatic amine oxidase activity / primary methylamine oxidase activity / L-phenylalanine catabolic process / amine metabolic process / quinone binding / periplasmic space / copper ion binding / calcium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Murray, J.M. / Wilmot, C.M. / Saysell, C.G. / Jaeger, J. / Knowles, P.F. / Phillips, S.E.V. / McPherson, M.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Active Site Base Controls Cofactor Reactivity in Escherichia Coli Amine Oxidase : X-Ray Crystallographicstudies with Mutational Variants 著者: Murray, J.M. / Wilmot, C.M. / Saysell, C.G. / Jaeger, J. / Knowles, P.F. / Phillips, S.E.V. / McPherson, M.J. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THERE ARE SEVERAL BIFURCATED SHEETS IN THIS STRUCTURE. EACH IS ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THERE ARE SEVERAL BIFURCATED SHEETS IN THIS STRUCTURE. EACH IS REPRESENTED BY TWO SHEETS WHICH HAVE ONE OR MORE IDENTICAL STRANDS. SHEETS C AND C1 REPRESENT ONE BIFURCATED SHEET. SHEETS K AND K1 REPRESENT ONE BIFURCATED SHEET. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 326.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 263 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | BIOLOGICAL_UNIT: DIMERIC |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 81366.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: EACH MONOMER CONTAINS ONE COPPER ATOM, TWO CALCIUM ATOMS, AND ONE 2,4,5, -TRIHYDROXYPHENYLALANINE QUINONE COFACTOR. 由来: (組換発現) ![]() ![]() 解説: CLONED AND OVER-EXPRESSED IN E. COLI USING PLASMID PKK233-3 細胞内の位置: PERIPLASM / プラスミド: PLASMID DERIVED FROM PKK233-3 / 細胞内の位置 (発現宿主): PERIPLASM / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | |||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.1 / 詳細: 1.2 M SODIUM CITRATE, 0.1 M HEPES PH 7.1 | |||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.04→20 Å / Num. obs: 105826 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 7.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.04→2.38 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.19 / % possible all: 91 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.058 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 91 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OAC 解像度: 2.04→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: NEITHER THE N-TERMINAL OR C-TERMINAL AMINO ACIDS WERE WELL DEFINED BY THE ELECTRON DENSITY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 31.9 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.04→20 Å
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拘束条件 |
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