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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dxi | ||||||
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タイトル | STRUCTURE DETERMINATION OF GLUCOSE ISOMERASE FROM STREPTOMYCES MURINUS AT 2.6 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | D-XYLOSE ISOMERASE | ||||||
![]() | ISOMERASE(INTRAMOLECULAR OXIDOREDUCTASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Rasmussen, H. / La Cour, T. / Nyborg, J. / Schulein, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure determination of glucose isomerase from Streptomyces murinus at 2.6 A resolution. 著者: Rasmussen, H. / la Cour, T. / Nyborg, J. / Schulein, M. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *BA* AND *BB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY TWO EIGHT-STRANDED ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *BA* AND *BB* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY TWO EIGHT-STRANDED BETA-BARRELS. THIS IS REPRESENTED BY TWO NINE-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 160.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 121.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 187 / 2: CIS PROLINE - PRO B 187 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.897, -0.101, -0.43), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42822.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 参照: UniProt: P37031, xylose isomerase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.34 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / Num. obs: 31564 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(I): 3 / Rmerge(I) obs: 0.095 |
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解析
ソフトウェア | 名称: PROLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.6→6 Å / σ(F): 3 詳細: FOUR WATER MOLECULES CONNECTED TO THE CATALYTIC SITES HAVE BEEN INCLUDED IN THE STRUCTURE.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→6 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 28032 / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |