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- PDB-1dnv: PARVOVIRUS (DENSOVIRUS) FROM GALLERIA MELLONELLA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dnv
タイトルPARVOVIRUS (DENSOVIRUS) FROM GALLERIA MELLONELLA
要素GALLERIA MELLONELLA DENSOVIRUS CAPSID PROTEIN
キーワードVIRUS / PARVOVIRUS / DENSOVIRUS / CAPSID PROTEIN / VIRAL CAPSID / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 activity / symbiont entry into host cell via permeabilization of host membrane / T=1 icosahedral viral capsid / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4 / Capsid protein VP4 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Capsid/spike protein, ssDNA virus / Phospholipase A2 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Galleria mellonella densovirus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, NCS SYMMETRY AVERAGING / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Simpson, A.A. / Chipmann, P.R. / Baker, T.S. / Tijssen, P. / Rossmann, M.G.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: The structure of an insect parvovirus (Galleria mellonella densovirus) at 3.7 A resolution.
著者: Simpson, A.A. / Chipman, P.R. / Baker, T.S. / Tijssen, P. / Rossmann, M.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1998
タイトル: Functional Implications of the Structure of the Murine Parvovirus, Minute Virus of Mice
著者: Agbandje-McKenna, M. / Llamas-Saiz, A.L. / Wang, F. / Tattersall, P. / Rossmann, M.G.
#2: ジャーナル: Semin.Virol. / 年: 1995
タイトル: Densonucleosis Viruses Constitute an Increasingly Diversified Subfamily within the Parvoviruses
著者: Tijssen, P. / Bergoin, M.
#3: ジャーナル: Virology / 年: 1993
タイトル: Structure, Sequence, and Function Correlations Among Parvoviruses
著者: Chapman, M.S. / Rossmann, M.G.
#4: ジャーナル: Proteins / 年: 1993
タイトル: Structure Determination of Feline Panleukopenia Virus Empty Particles
著者: Agbandje, M. / McKenna, R. / Rossmann, M.G. / Strassheim, M.L. / Parrish, C.R.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1991
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Canine Parvovirus and its Functional Implications
著者: Tsao, J. / Chapman, M.S. / Agbandje, M. / Keller, W. / Smith, K. / Wu, H. / Luo, M. / Smith, T.J. / Rossmann, M.G. / Compans, R.W. / Parrish, C.R.
履歴
登録1998年7月22日処理サイト: BNL
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / cell ...atom_site / cell / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _cell.Z_PDB / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][2] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[2][1] / _database_PDB_matrix.origx[2][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][2] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _database_PDB_matrix.origx_vector[1] / _database_PDB_matrix.origx_vector[2] / _database_PDB_matrix.origx_vector[3] / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_struct_oper_list.vector[1] / _pdbx_struct_oper_list.vector[2] / _pdbx_struct_oper_list.vector[3] / _pdbx_validate_peptide_omega.omega / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_deviation / _pdbx_validate_rmsd_angle.angle_value / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_deviation / _pdbx_validate_rmsd_bond.bond_value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GALLERIA MELLONELLA DENSOVIRUS CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4301
ポリマ－47,4301
非ポリマー00
水00
1
A: GALLERIA MELLONELLA DENSOVIRUS CAPSID PROTEIN
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,845,80260
ポリマ－2,845,80260
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: GALLERIA MELLONELLA DENSOVIRUS CAPSID PROTEIN
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 237 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)237,1505
ポリマ－237,1505
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: GALLERIA MELLONELLA DENSOVIRUS CAPSID PROTEIN
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 285 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)284,5806
ポリマ－284,5806
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: GALLERIA MELLONELLA DENSOVIRUS CAPSID PROTEIN
x 30


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.42 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,422,90130
ポリマ－1,422,90130
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation29
単位格子
Length a, b, c (Å)264.440, 264.440, 683.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.65314676, 0.28454888, 0.70172802), (0.40372175, 0.65315784, -0.64062961), (-0.64062103, 0.70173054, 0.31172937)-117.80731, 106.97361, 122.0411
3generate(0.09193754, 0.8641315, 0.49479019), (0.93778439, 0.09194439, -0.33483246), (-0.33481606, 0.49480283, -0.8019159)-78.67389, 51.09974, 310.62139
4generate(0.09194439, 0.93778439, -0.33483246), (0.8641315, 0.09193754, 0.49479019), (0.49480283, -0.33481606, -0.8019159)63.3192, -90.40581, 305.12931
5generate(0.65315784, 0.40372175, -0.64062961), (0.28454888, 0.65314676, 0.70172802), (0.70173054, -0.64062103, 0.31172937)111.94234, -121.98719, 113.15474
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16generate(-0.46117813, 0.11680832, -0.87958181), (0.35486399, 0.93285044, -0.06217969), (0.81325739, -0.34079219, -0.47167231)155.50848, 9.22716, 247.63003
17generate(0.30941966, -0.67216287, -0.67264397), (0.64822389, 0.66664135, -0.36797685), (0.69575442, -0.32216648, 0.64197296)114.98891, 59.62349, 57.80318
18generate(0.36163956, -0.82299825, 0.43805301), (0.92825666, 0.36165283, -0.08690251), (-0.08689725, 0.43804261, 0.89474159)-75.45689, 9.6627, 19.722
19generate(-0.37668456, -0.12724847, 0.91756366), (0.80796652, 0.43936864, 0.39260814), (-0.45309961, 0.88925196, -0.06268408)-152.63929, -71.61109, 186.01338
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21generate(0.93285136, 0.11681143, -0.34080783), (0.35484986, -0.46119007, 0.81325518), (-0.06217068, -0.87958239, -0.47166129)58.83933, -144.96387, 248.74242
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23generate(0.30941592, 0.64821373, 0.69575266), (-0.67216373, 0.66663407, -0.32216462), (-0.67265468, -0.36797564, 0.64198398)-114.44488, 56.16647, 62.1791
24generate(0.0180782, 0.99966074, 0.01874745), (0.03649855, 0.01808109, -0.99916983), (-0.99917044, 0.01875045, -0.03615929)3.35585, 167.3472, 180.40749
25generate(0.40338249, 0.67123605, -0.62188216), (0.67122785, -0.67895257, -0.29744181), (-0.62187058, -0.2974399, -0.72442992)110.45138, 43.04181, 295.70996
26generate(-0.46119007, 0.35484986, 0.81325518), (0.11681143, 0.93285136, -0.34080783), (-0.87958239, -0.06217068, -0.47166129)-132.94169, 57.62152, 254.15368
27generate(-0.67895257, 0.67122785, -0.29744181), (0.67123605, 0.40338249, -0.62188216), (-0.2974399, -0.62187058, -0.72442992)58.6, 102.05819, 293.56223
28generate(0.01808109, 0.03649855, -0.99916983), (0.99966074, 0.0180782, 0.01874745), (0.01875045, -0.99917044, -0.03615929)174.08912, -9.76223, 173.66886
29generate(0.66663407, -0.67216373, -0.32216462), (0.64821373, 0.30941592, 0.69575266), (-0.36797564, -0.67265468, 0.64198398)53.92363, -123.30772, 60.16213
30generate(0.37042821, -0.4754118, 0.79797564), (0.10258285, 0.87477682, 0.47353528), (-0.92317587, -0.09355697, 0.37282895)-135.83185, -81.66228, 109.90449

-
要素

#1: タンパク質 GALLERIA MELLONELLA DENSOVIRUS CAPSID PROTEIN


分子量: 47430.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM WAX MOTH CATERPILLAR
由来: (天然) Galleria mellonella densovirus (ウイルス)
属: Densovirus / 細胞内の位置: NUCLEUS / 組織: ALL LARVAL TISSUES, EXCEPT MIDGUT / 参照: UniProt: Q90125
構成要素の詳細CAPSID CONTAINS DISORDERED SSDNA AND THE DISORDERED AMINO TERMINAL REGIONS OF THE CAPSID PROTEINS.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: INITIAL MODEL AT 25A RESOLUTION
結晶化pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 5 % / 一般名: PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→60 Å / Num. obs: 107965 / % possible obs: 35.6 % / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 1.14 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 15.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 164912
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 15.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GLRF位相決定
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, NCS SYMMETRY AVERAGING
開始モデル: CRYO-EM RECONSTRUCTION

解像度: 3.6→9 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 2 / 詳細: THERMAL FACTOR RMS VALUES ARE FOR ALL ATOMS /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.271 --
obs0.271 93725 35.6 %
原子変位パラメータBiso mean: 26.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.185 Å20 Å20 Å2
2---11.185 Å20 Å2
3---22.3701 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3199 0 0 0 3199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.71.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.75 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.42 5842 -
obs--19 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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