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- EMDB-9110: Structure of parvovirus B19 decorated with Fab molecules from a h... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9110
タイトルStructure of parvovirus B19 decorated with Fab molecules from a human antibody
マップデータMap of B19-Fab complex, reconstructed in jspr and postprocessed in RELION. Sharpened and low-pass filtered to 3A.
試料
  • 複合体: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D
    • 複合体: antibody 860-55D Fab
      • タンパク質・ペプチド: antibody 860-55D heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody 860-55D light chain
    • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: VP2
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / VP1 protein
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Rossmann MG / Sun Y / Klose T / Liu Y
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2019
タイトル: Structure of Parvovirus B19 Decorated by Fabs from a Human Antibody.
著者: Yingyuan Sun / Thomas Klose / Yue Liu / Susanne Modrow / Michael G Rossmann /
要旨: Parvovirus B19, one of the most common human pathogens, is a small DNA virus that belongs to the As a result of previous infections, antibodies to B19 are present in most adults. B19 has a strong ...Parvovirus B19, one of the most common human pathogens, is a small DNA virus that belongs to the As a result of previous infections, antibodies to B19 are present in most adults. B19 has a strong tropism to erythroid progenitor cells and is able to cause a series of medical conditions, including fifth disease, arthritis, myocarditis, hydrops fetalis, and aplastic crisis. No approved vaccine is currently available for B19, and there is a lack of structural characterization of any B19 epitopes. Here we present the first cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a B19 virus-like particle (VLP) complexed with the antigen-binding fragment (Fab) of a human neutralizing antibody, 860-55D. A model was built into the 3.2-Å-resolution map, and the antigenic residues on the surface of the B19 capsid were identified. Antibody 860-55D bridges the capsid of B19 by binding to a quaternary structure epitope formed by residues from three neighboring VP2 capsid proteins. Parvovirus B19 is a common human pathogen and a particular threat to children, pregnant women, and patients with sickle cell disease or AIDS. Currently, neutralizing antibody is the most efficient treatment for acute B19 infections. Research on the antigenic properties of B19 will guide the usage of these antibodies and facilitate vaccine development. We have determined and report here the high-resolution structure of B19 virus-like particles (VLPs) complexed with the Fab of a human neutralizing antibody. The structure shows a quaternary structure epitope formed by three VP2 proteins and provides details on host recognition of human B19 virus.
履歴
登録2018年9月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月3日-
マップ公開2018年10月3日-
更新2019年2月13日-
現状2019年2月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nn3
  • 表面レベル: 9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6nn3
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9110.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9110.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of B19-Fab complex, reconstructed in jspr and postprocessed in RELION. Sharpened and low-pass filtered to 3A.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 432 pix.
= 561.6 Å		1.3 Å/pix.
x 432 pix.
= 561.6 Å		1.3 Å/pix.
x 432 pix.
= 561.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 9.0 / ムービー #1: 9
最小 - 最大-81.878870000000006 - 131.670780000000008
平均 (標準偏差)0.05495324 (±3.757855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 561.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z561.600561.600561.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-81.879131.6710.055

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1 with spherical mask

ファイルemd_9110_half_map_1.map
注釈Half map 1 with spherical mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 with spherical mask

ファイルemd_9110_half_map_2.map
注釈Half map 2 with spherical mask
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D

全体名称: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D
要素
  • 複合体: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D
    • 複合体: antibody 860-55D Fab
      • タンパク質・ペプチド: antibody 860-55D heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody 860-55D light chain
    • ウイルス: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
      • タンパク質・ペプチド: VP2

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超分子 #1: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D

超分子名称: Complex of B19 VLP with Fab molecules of antibody 860-55D
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
分子量理論値: 5.6 MDa

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超分子 #3: antibody 860-55D Fab

超分子名称: antibody 860-55D Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #2: Human parvovirus B19

超分子名称: Human parvovirus B19 / タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10798 / 生物種: Human parvovirus B19 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
Host system生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human parvovirus B19 (B19 ウイルス)
分子量理論値: 60.916016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MTSVNSAEAS TGAGGGGSNP VKSMWSEGAT FSANSVTCTF SRQFLIPYDP EHHYKVFSPA ASSCHNASGK EAKVCTISPI MGYSTPWRY LDFNALNLFF SPLEFQHLIE NYGSIAPDAL TVTISEIAVK DVTDKTGGGV QVTDSTTGRL CMLVDHEYKY P YVLGQGQD ...文字列:
MTSVNSAEAS TGAGGGGSNP VKSMWSEGAT FSANSVTCTF SRQFLIPYDP EHHYKVFSPA ASSCHNASGK EAKVCTISPI MGYSTPWRY LDFNALNLFF SPLEFQHLIE NYGSIAPDAL TVTISEIAVK DVTDKTGGGV QVTDSTTGRL CMLVDHEYKY P YVLGQGQD TLAPELPIWV YFPPQYAYLT VGDVNTQGIS GDSKKLASEE SAFYVLEHSS FQLLGTGGTA TMSYKFPPVP PE NLEGCSQ HFYEMYNPLY GSRLGVPDTL GGDPKFRSLT HEDHAIQPQN FMPGPLVNSV STKEGDSSNT GAGKALTGLS TGT SQNTRI SLRPGPVSQP YHHWDTDKYV TGINAISHGQ TTYGNAEDKE YQQGVGRFPN EKEQLKQLQG LNMHTYFPNK GTQQ YTDQI ERPLMVGSVW NRRALHYESQ LWSKIPNLDD SFKTQFAALG GWGLHQPPPQ IFLKILPQSG PIGGIKSMGI TTLVQ YAVG IMTVTMTFKL GPRKATGRWN PQPGVYPPHA AGHLPYVLYD PTATDAKQHH RHGYEKPEEL WTAKSRVHPL

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分子 #2: antibody 860-55D heavy chain

分子名称: antibody 860-55D heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.756069 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QVQLQESGPG LVAASDTLSL TCTVSGGSLA AAFYWSWIRQ APGKGLEWIG YIYYSGSAYY SPSLESRVTM SDAAAAAAAA AAAAAAAAV YYCVRAAAAA AAAAAAAFAS WGQGTLVTV

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分子 #3: antibody 860-55D light chain

分子名称: antibody 860-55D light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.895869 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AAALTQPLSV SVSPGQTAIF TCSGDNLGDK YVYWFQQRPG QSPALLIYQD NKRPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGTQST DEADYYCQT WDSTVVFGGG TKL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 20.265 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1759 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9120
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
CTFFINDdetermination
JALIGNrefinement
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Randomly generated from 200 particles using jspr
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: J3DR / 使用した粒子像数: 7395
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: JALIGN
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: JALIGN
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 180 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 100
得られたモデル

PDB-6nn3:
Structure of parvovirus B19 decorated with Fab molecules from a human antibody

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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