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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dne | ||||||||||||||||||
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タイトル | MOLECULAR STRUCTURE OF THE NETROPSIN-D(CGCGATATCGCG) COMPLEX: DNA CONFORMATION IN AN ALTERNATING AT SEGMENT; CONFORMATION 2 | ||||||||||||||||||
要素 | DNA (5'-D(*キーワード | DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / COMPLEXED WITH DRUG | 機能・相同性 | NETROPSIN / DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / 解像度: 2.4 Å | データ登録者 | Coll, M. / Aymami, J. / Van Der Marel, G.A. / Van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H.-J. | 引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 1989 タイトル: Molecular structure of the netropsin-d(CGCGATATCGCG) complex: DNA conformation in an alternating AT segment. 著者: Coll, M. / Aymami, J. / van der Marel, G.A. / van Boom, J.H. / Rich, A. / Wang, A.H. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: A Bifurcated Hydrogen-Bonded Conformation in the d(A.T) Base Pairs of the DNA Dodecamer d(CGCAAATTTGCG) and Its Complex with Distamycin 著者: Coll, M. / Frederick, C.A. / Wang, A.H.-J. / Rich, A. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1985 タイトル: The Molecular Origin of DNA-Drug Specificity in Netropsin and Distamycin 著者: Kopka, M.L. / Yoon, C. / Goodsell, D. / Pjura, P. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dne.cif.gz | 27.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dne.ent.gz | 16.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dne.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dne_validation.pdf.gz | 405.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dne_full_validation.pdf.gz | 437.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dne_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dne_validation.cif.gz | 8.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dne ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/1dne | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3663.392 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-NT / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, temperature 283.00K / Temp details: ROOM TEMPERATURE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 10 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 283 K |
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検出器 | タイプ: NICOLET P3 / 検出器: DIFFRACTOMETER |
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.4 Å / Num. all: 5696 / Num. obs: 1848 / Observed criterion σ(I): 1 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 |
-解析
ソフトウェア | 名称: NUCLSQ / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.4→20 Å / σ(F): 2 /
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Refine Biso |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.4 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. reflection obs: 1848 / Rfactor obs: 0.201 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |