+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dlq | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE FROM ACINETOBACTER SP. ADP1 INHIBITED BY BOUND MERCURY | ||||||
![]() | CATECHOL 1,2-DIOXYGENASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / METALLOPROTEIN / DIOXYGENASE / MERCURY / AROMATIC COMPOUND DEGREDATION / MIXED ALPHA/BETA STRUCTURE | ||||||
機能・相同性 | ![]() catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.8 A crystal structure of catechol 1,2-dioxygenase reveals a novel hydrophobic helical zipper as a subunit linker. 著者: Vetting, M.W. / Ohlendorf, D.H. #1: ![]() タイトル: DNA Sequence of the Acinetobacter calcoaceticus Catechol 1,2-dioxygenase I Structural Gene catA: Evidence for Evolutionary Divergence of Intradiol Dioxygenases by Aquisition of DNA Sequence Repetitions 著者: Neidle, E.L. / Harnett, C. / Bonitz, S. / Ornston, L.N. #2: ![]() タイトル: Structure of Protocatechuate 3,4-dioxygenase from Psuedomonas aeruginosa at 2.15 A Resolution 著者: Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. #3: ![]() タイトル: Crystal Structures of Substrate and Substrate Analog Complexes of Protocatechuate 3,4-dioxygenase: Endogenous Fe+3 Ligand Displacement in Response to Substrate Binding. 著者: Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 135.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 106 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 902.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 920 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 36.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
詳細 | The biological assembly of the molecule is a homodimer consisting of subunit A and subunit B related by a non-crystallographic two-fold |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34384.145 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-HG / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.07 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 10-15% Peg5000, 100mM Tris-HCl, pH 7.5, .2M MgAcetate , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS HI-STAR / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年9月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→100 Å / Num. all: 30521 / Num. obs: 76231 / % possible obs: 90.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 31 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.41 Å / 冗長度: 1.48 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Num. unique all: 2550 / % possible all: 46 |
反射 | *PLUS Num. obs: 33625 / Num. measured all: 76231 / Rmerge(I) obs: 0.038 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 45.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
| |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.182 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: c_angle_deg / Dev ideal: 1.5 |