PDB-4nh4: Structure of the binary complex of a zingiber officinale double b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nh4

タイトル

Structure of the binary complex of a zingiber officinale double bond reductase in complex with NADP

要素

Zingiber officinale double bond reductase

キーワード

PLANT PROTEIN / ROSSMANN FOLD / TWISTED B-BARREL / CURCUMINOID REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

2-alkenal reductase [NAD(P)H] activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

ZINGIBER OFFICINALE (ショウガ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Langlois D'Estaintot, B. / Buratto, J. / Granier, T. / Gallois, B. / Willis, M.A. / Sang, Y. / Flores-Sanchez, I.J. / Gang, D.R.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of zingiber officinale double bond reductase
著者: Buratto, J. / Langlois D'Estaintot, B. / Granier, T. / Gallois, B. / Willis, M.A. / Sang, Y. / Flores-Sanchez, I.J. / Gang, D.R.

履歴

登録	2013年11月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年11月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nh4.cif.gz	285 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nh4.ent.gz	232.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/4nh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mkrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wgg-d 4we3-1 1xxf-d 4hfn-d 4a37-d 5utz-1 1e3l-d 1dlq-d 7av7-2 7av7-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (5) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Zingiber officinale double bond reductase

B: Zingiber officinale double bond reductase

ヘテロ分子

81.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.660, 78.406, 155.706
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Zingiber officinale double bond reductase 分子量: 39988.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ZINGIBER OFFICINALE (ショウガ) / プラスミド: PEXP5-CT / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CODONPLUS-RP / 参照: UniProt: A0A096LNF0*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.86 % / Mosaicity: 0.18 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 21% PEG 1450, 100mM PCB, 3mM NaN3, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月3日 / 詳細: PT COATED SI MIRRORS

放射

モノクロメーター: HORIZONTALLY SIDE DIFFRACTING SILICON 111 CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.8726 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→78.037 Å / Num. all: 43868 / Num. obs: 43868 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) all	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.1-2.21	4.6	0.843	0.745	0.9	28916	6310	0.389	0.843	0.745	2.4	99.9
2.21-2.35	4.4	0.697	0.61	1	25890	5925	0.33	0.697	0.61	3.2	98
2.35-2.51	4.6	0.384	0.339	2.3	26003	5662	0.177	0.384	0.339	4.5	99.9
2.51-2.71	4.5	0.274	0.241	3.2	23355	5243	0.129	0.274	0.241	6.2	98.9
2.71-2.97	4.6	0.168	0.148	5.2	22384	4872	0.077	0.168	0.148	9.2	100
2.97-3.32	4.6	0.092	0.082	9.4	20353	4458	0.043	0.092	0.082	15.7	100
3.32-3.83	4.3	0.06	0.053	13.7	16571	3884	0.029	0.06	0.053	23.7	98.4
3.83-4.7	4.3	0.04	0.035	19.5	14273	3321	0.019	0.04	0.035	33.5	98.3
4.7-6.64	4.4	0.035	0.031	21.7	11650	2654	0.016	0.035	0.031	33.5	100
6.64-55.245	4.1	0.025	0.022	26.9	6302	1539	0.012	0.025	0.022	39.9	99.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DNA		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MKR

4mkr

解像度: 2.1→55.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / WR_factor R_free: 0.2285 / WR_factor R_work: 0.1671 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.7934 / SU B: 12.393 / SU ML: 0.169 / SU R Cruickshank DPI: 0.2343 / SU R_free: 0.2088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.234 / ESU R Free: 0.209 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2598	2250	5.1 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
all	0.1964	43787	-	-
obs	0.1964	43787	99.07 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.83 Å² / B_iso mean: 39.061 Å² / B_iso min: 14.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→55.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5391	0	96	337	5824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	5640
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5259
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.815	1.981	7668
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.848	3	12090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.032	5	702
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.737	24.128	235
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.688	15	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.697	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	843
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.13	2.475	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.13	2.474	2810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.152	4.153	3509

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.336	165	-
R_work	0.29	3031	-
all	-	3196	-
obs	-	-	99.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8868	0.6924	-0.8284	0.9525	-1.0072	1.157	0.2642	0.1873	0.2305	0.2099	0.0118	0.1981	-0.1834	-0.1373	-0.276	0.3354	0.0019	0.1104	0.21	0.0863	0.1352	-12.744	36.008	64.947
2	2.0386	0.1167	-0.8568	0.4673	-0.1638	0.9946	0.2044	-0.0905	0.0166	0.1846	-0.1225	0.0217	-0.1646	0.1506	-0.0819	0.3576	-0.0952	0.0161	0.1065	0.0161	0.0299	13.128	36.366	63.242
3	1.5192	0.1881	0.9805	1.1151	0.2771	1.7294	-0.0183	0.2069	-0.0061	0.2355	0.082	-0.1159	-0.0853	0.1684	-0.0637	0.2588	0.0175	-0.0317	0.1708	-0.0246	0.089	42.129	38.669	24.009
4	1.1767	-0.189	-0.974	0.3126	-0.2529	1.6337	0.1441	0.4659	0.0945	0.1212	-0.0865	-0.0646	-0.1697	-0.4125	-0.0575	0.2519	0.0918	-0.0132	0.3683	0.0851	0.052	12.39	39.788	31.608
5	1.9192	0.1112	0.3118	1.604	-0.394	2.091	-0.2304	0.323	0.0178	0.093	0.1811	0.0259	-0.1737	-0.1916	0.0494	0.2584	0.0564	-0.0027	0.1377	0.0044	0.0557	28.163	37.013	18.168

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 127
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	128 - 352
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	7 - 139
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	140 - 294
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	295 - 351

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関連情報:EMDBヘッダ

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