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- PDB-1dh3: CRYSTAL STRUCTURE OF A CREB BZIP-CRE COMPLEX REVEALS THE BASIS FO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1dh3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A CREB BZIP-CRE COMPLEX REVEALS THE BASIS FOR CREB FAIMLY SELECTIVE DIMERIZATION AND DNA BINDING
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
  • TRANSCRIPTION FACTOR CREB
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


AKT phosphorylates targets in the nucleus / NGF-stimulated transcription / chemotaxis to arachidonate / positive regulation of membrane depolarization / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / response to hypobaric hypoxia / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK ...AKT phosphorylates targets in the nucleus / NGF-stimulated transcription / chemotaxis to arachidonate / positive regulation of membrane depolarization / response to erythropoietin / ATF4-CREB1 transcription factor complex / response to hypobaric hypoxia / CREB phosphorylation / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of transforming growth factor beta3 production / response to dehydroepiandrosterone / NCAM signaling for neurite out-growth / secretory granule organization / cAMP response element binding / lung saccule development / positive regulation of cardiac muscle tissue development / regulation of glial cell proliferation / lung epithelium development / inhibition of non-skeletal tissue mineralization / pituitary gland development / regulation of fibroblast proliferation / regulation of testosterone biosynthetic process / response to purine-containing compound / hormone secretion / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / positive regulation of hormone secretion / mammary gland development / positive regulation of multicellular organism growth / arrestin family protein binding / positive regulation of osteoclast differentiation / response to glucagon / cellular response to zinc ion / response to morphine / cellular response to fatty acid / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / response to L-glutamate / type I pneumocyte differentiation / regulation of cell size / histone acetyltransferase binding / cAMP/PKA signal transduction / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / positive regulation of fat cell differentiation / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to retinoic acid / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / lactation / cellular response to forskolin / Hsp70 protein binding / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / osteoclast differentiation / axonogenesis / cellular response to leukemia inhibitory factor / positive regulation of long-term synaptic potentiation / response to activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / response to nicotine / mRNA transcription by RNA polymerase II / response to cocaine / cellular response to nerve growth factor stimulus / transcription coactivator binding / euchromatin / visual learning / cellular response to growth factor stimulus / memory / RNA polymerase II transcription regulator complex / circadian rhythm / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / response to ethanol / protein stabilization / ciliary basal body / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / axon / negative regulation of gene expression / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / bZIP transcription factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain ...cAMP response element binding (CREB) protein / Coactivator CBP, pKID / pKID domain / KID domain profile. / bZIP transcription factor / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper (bZIP) domain profile. / basic region leucin zipper / Basic-leucine zipper domain / Basic-leucine zipper domain superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Cyclic AMP-responsive element-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Goodman, R.H. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: The structure of a CREB bZIP.somatostatin CRE complex reveals the basis for selective dimerization and divalent cation-enhanced DNA binding
著者: Schumacher, M.A. / Goodman, R.H. / Brennan, R.G.
履歴
登録1999年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')
A: TRANSCRIPTION FACTOR CREB
C: TRANSCRIPTION FACTOR CREB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2465
ポリマ－26,2224
非ポリマー241
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.610, 49.320, 79.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.18, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*TP*GP*AP*CP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*CP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6424.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 TRANSCRIPTION FACTOR CREB


分子量: 6686.831 Da / 分子数: 2 / Fragment: RESIDUES 201-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q01147
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: PEG 8000, MGCL2, (NH4)2SO4, MES, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MGCL211
2(NH4)2SO411
3MES11
4PEG 800011
5PEG 800012
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
11 mMZIP dimer1drop
21 mMCRE duplex1drop
312 %PEG80001reservoir
410 mM1reservoirMgCl2
5100 mMammonium sulfate1reservoir
650 mMMES1reservoirpH5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.08
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.08 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→10 Å / Num. all: 7436 / Num. obs: 7316 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 3→3.2 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.258 / % possible all: 95
反射
*PLUS
% possible obs: 95 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.065
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 87.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
TRUNCATEデータ削減
EPMR位相決定
TNT精密化
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化解像度: 3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1
詳細: THE FIRST AND LAST TWO RESIDUES ARE DISORDERED AND NOT MODELED. THE DENSITY IS WEAK FOR RESIDUES 334-339 IN BOTH PROTEIN CHAINS. PROCHECK REVEALED NO BAD CONTACTS AND NO RAMACHANDRAN OUTLIERS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 694 10 %RANDOM
Rwork0.223 ---
all0.218 7436 --
obs0.218 7316 98 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数934 852 7 11 1804
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.906
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.28
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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