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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dgr | ||||||
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タイトル | Refined crystal structure of canavalin from jack bean | ||||||
![]() | (CANAVALIN) x 3 | ||||||
![]() | PLANT PROTEIN / DUPLICATED DOMAINS BETA BARREL HELICAL LOOP | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Ko, T.-P. / McPherson, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray diffraction and atomic force microscopy analysis of twinned crystals: rhombohedral canavalin. 著者: Ko, T.P. / Kuznetsov, Y.G. / Malkin, A.J. / Day, J. / McPherson, A. #1: ![]() タイトル: Determination of three crystal structures of canavalin by molecular replacement 著者: Ko, T.-P. / Ng, J.D. / Day, J. / Greenwood, A. / McPherson, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 212.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 172.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 476.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 491.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The trimeric assembly contains three identical subunits of chains A,X,Y; B,V,W; and C,N,M. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20640.342 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 46-223 / 由来タイプ: 天然 詳細: LEGUME STORAGE PROTEIN; LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 9073.182 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 246-324 / 由来タイプ: 天然 詳細: LEGUME STORAGE PROTEIN; LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 10269.446 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 331-423 / 由来タイプ: 天然 詳細: LEGUME STORAGE PROTEIN; LIMITED DIGESTION BY TRYPSIN 由来: (天然) ![]() ![]() #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.87 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Dulbeccos phosphate buffered saline, ammonium hydroxide, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
結晶化 | *PLUS 詳細: Koszelak, S., (1995) Biophys. J., 69, 13. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1989年1月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→200 Å / Num. all: 42478 / Num. obs: 37938 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0548 / Net I/σ(I): 21.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.8 Å / 冗長度: 2.58 % / Rmerge(I) obs: 0.1744 / Num. unique all: 7058 / % possible all: 83 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.6→200 Å / σ(F): 3 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Strong NCS restraints were used.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→200 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 500 Å / σ(F): 3 / Rfactor obs: 0.181 / Rfactor Rwork: 0.18 / % reflection Rfree: 8 % | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 2.76 Å / Rfactor Rfree: 0.263 / Rfactor Rwork: 0.23 / Num. reflection obs: 2283 |