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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1dbb | ||||||
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タイトル | THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN ANTI-STEROID FAB' AND PROGESTERONE-FAB' COMPLEX | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNOGLOBULIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding ...humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / phagocytosis, recognition / positive regulation of type IIa hypersensitivity / positive regulation of type I hypersensitivity / antibody-dependent cellular cytotoxicity / phagocytosis, engulfment / immunoglobulin mediated immune response / positive regulation of phagocytosis / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / B cell differentiation / complement activation, classical pathway / antigen binding / positive regulation of immune response / antibacterial humoral response / blood microparticle / defense response to bacterium / external side of plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.7 Å | ||||||
データ登録者 | Arevalo, J.H. / Wilson, I.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993 タイトル: Three-dimensional structure of an anti-steroid Fab' and progesterone-Fab' complex. 著者: Arevalo, J.H. / Stura, E.A. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A. #1: ジャーナル: Immunology / 年: 1987 タイトル: Analysis of an Anti-Progesterone Antibody: Variable Crystal Morphology of the Fab' and Steroid-Fab' Complexes 著者: Stura, E.A. / Arevalo, J.H. / Feinstein, A. / Heap, R.B. / Taussig, M.J. / Wilson, I.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1dbb.cif.gz | 97.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1dbb.ent.gz | 73.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1dbb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1dbb_validation.pdf.gz | 463.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1dbb_full_validation.pdf.gz | 490.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1dbb_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1dbb_validation.cif.gz | 19.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/1dbb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO L 8 / 2: CIS PROLINE - PRO L 95 / 3: CIS PROLINE - PRO L 141 4: ILE L 150 - ASP L 151 OMEGA =149.67 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 5: THR H 134 - ASN H 135 OMEGA =149.74 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 6: CIS PROLINE - PRO H 149 / 7: CIS PROLINE - PRO H 151 |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23880.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: GenBank: 1589925 |
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#2: 抗体 | 分子量: 23754.656 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDOMA / 参照: UniProt: P01868 |
#3: 化合物 | ChemComp-STR / |
配列の詳細 | THE SEQUENCE SUPPLIED IS THAT OF THE AUTHORS AND IT IS DESCRIBED IN REFERENCE 1 ABOVE. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.99 % |
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS Num. obs: 18963 / % possible obs: 78.1 % / Rmerge(I) obs: 0.118 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | Rfactor Rwork: 0.21 / Rfactor obs: 0.21 / 最高解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 2.7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 6 Å / Rfactor obs: 0.214 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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