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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1czn | ||||||
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タイトル | REFINED STRUCTURES OF OXIDIZED FLAVODOXIN FROM ANACYSTIS NIDULANS | ||||||
![]() | FLAVODOXIN | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / FLAVODOXIN / FMN BINDING / REDOX POTENTIAL | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Smith, W.W. / Pattridge, K.A. / Luschinsky, C.L. / Ludwig, M.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Refined structures of oxidized flavodoxin from Anacystis nidulans. 著者: Drennan, C.L. / Pattridge, K.A. / Weber, C.H. / Metzger, A.L. / Hoover, D.M. / Ludwig, M.L. #1: ![]() タイトル: Structural Analysis of Fully Reduced A. Nidulans Flavodoxin 著者: Luschinsky, C.L. / Dunham, W.R. / Osborne, C. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L. #2: ![]() タイトル: Sequence and Structure of Anacystis-Nidulans Flavodoxin Comparisons with Flavodoxins from Other Species 著者: Laudenbach, D.E. / Straus, N.A. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L. #3: ![]() タイトル: Structure of Oxidized Flavodoxin from Anacystis Nidulans 著者: Smith, W.W. / Pattridge, K.A. / Ludwig, M.L. / Petsko, G.A. / Tsernoglou, D. / Tanaka, M. / Yasunobu, K.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 445.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 445.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18656.295 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: WILDTYPE CRYSTAL FORM I, OXIDIZED 由来: (組換発現) ![]() 株: PCC 7942 / プラスミド: PKK233-2-ANFLD / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-FMN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: AMMONIUM SULFATE, POTASSIUM PHOSPHATE, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 277 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1988年7月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 1.7 Å / Num. all: 19844 / Num. obs: 19844 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 14.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 2.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.78 Å / Num. unique all: 2322 / % possible all: 93.2 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 10 Å |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 84 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.7→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: A POSTERIORI / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 17.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→10 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rfree: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 17.6 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.261 / % reflection Rfree: 10.4 % / Rfactor Rwork: 0.256 |