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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1csk | ||||||
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タイトル | THE CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CSKSH3: STRUCTURAL DIVERSITY NEAR THE RT-SRC AND N-SRC LOOP | ||||||
要素 | C-SRC SH3 DOMAIN | ||||||
キーワード | PHOSPHOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / proline-rich region binding / negative regulation of bone resorption / adherens junction organization / negative regulation of phagocytosis / cellular response to peptide hormone stimulus / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / oligodendrocyte differentiation ...negative regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / regulation of Fc receptor mediated stimulatory signaling pathway / negative regulation of low-density lipoprotein particle clearance / proline-rich region binding / negative regulation of bone resorption / adherens junction organization / negative regulation of phagocytosis / cellular response to peptide hormone stimulus / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / oligodendrocyte differentiation / protein kinase A catalytic subunit binding / negative regulation of interleukin-6 production / RHOH GTPase cycle / PD-1 signaling / GAB1 signalosome / Negative regulation of FLT3 / T cell costimulation / Integrin signaling / protein tyrosine kinase binding / non-specific protein-tyrosine kinase / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / MAP2K and MAPK activation / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / cell-cell junction / T cell receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / adaptive immune response / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Mathieu, M. / Wierenga, R.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1994 タイトル: The crystal structure of human CskSH3: structural diversity near the RT-Src and n-Src loop. 著者: Borchert, T.V. / Mathieu, M. / Zeelen, J.P. / Courtneidge, S.A. / Wierenga, R.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1csk.cif.gz | 54.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1csk.ent.gz | 41 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1csk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1csk_validation.pdf.gz | 381.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1csk_full_validation.pdf.gz | 389.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1csk_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1csk_validation.cif.gz | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1csk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cs/1csk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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詳細 | THE FOUR MOLECULES ARE PACKED IN THE CELL AS A DIMER OF DIMERS, ONE DIMER BEING FORMED OF MOLECULES D AND A, AND THE OTHER OF MOLECULES B AND C. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7851.946 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41240, EC: 2.7.1.112 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.98 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: microdialysis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / 最低解像度: 25 Å / Num. obs: 10807 / % possible obs: 94.8 % / Num. measured all: 60252 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→8 Å / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 9913 / Rfactor Rfree: 0.278 / Rfactor Rwork: 0.224 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 1.9 |