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- PDB-1clz: IGG FAB (IGG3, KAPPA) FRAGMENT (MBR96) COMPLEXED WITH LEWIS Y NON... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1clz
タイトルIGG FAB (IGG3, KAPPA) FRAGMENT (MBR96) COMPLEXED WITH LEWIS Y NONOATE METHYL ESTER
要素(IGG FAB (IGG3, KAPPA)) x 2
キーワードIMMUNOGLOBULIN / IMMUNOGLOBULIN C REGION / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lewis Y antigen, beta anomer / METHYL NONANOATE (ESTER) / : / Ig gamma-3 chain C region
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sheriff, S. / Bajorath, J.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: The x-ray structure of an anti-tumour antibody in complex with antigen.
著者: Jeffrey, P.D. / Bajorath, J. / Chang, C.Y. / Yelton, D. / Hellstrom, I. / Hellstrom, K.E. / Sheriff, S.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Monoclonal Anti-Tumor Antibody Br96 and its Complex with the Lewis Y Determinant
著者: Chang, C.Y. / Jeffrey, P.D. / Bajorath, J. / Hellstrom, I. / Hellstrom, K.E. / Sheriff, S.
履歴
登録1995年3月15日処理サイト: BNL
改定 1.01996年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: IGG FAB (IGG3, KAPPA)
H: IGG FAB (IGG3, KAPPA)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,8554
ポリマ－48,0072
非ポリマー8482
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_654-x+1,y+1/2,-z-1/21
Buried area4960 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.400, 84.900, 86.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 IGG FAB (IGG3, KAPPA) / MBR96 FAB (IMMUNOGLOBULIN)


分子量: 24246.910 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT (MBR96) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDIZED WITH P2X63-AG MOUSE / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: PIR: PC4203
#2: 抗体 IGG FAB (IGG3, KAPPA) / MBR96 FAB (IMMUNOGLOBULIN)


分子量: 23759.754 Da / 分子数: 1 / 断片: FRAGMENT (MBR96) / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HYBRIDIZED WITH P2X63-AG MOUSE / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/C / 参照: UniProt: P22436
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2- ...alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / Lewis Y antigen / beta anomer


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 抗原 / 分子量: 675.630 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide with branches / 参照: Lewis Y antigen, beta anomer
記述子タイププログラム
LFucpa1-2DGalpb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2-3-2/a3-b1_a4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-Galp]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物 ChemComp-NON / METHYL NONANOATE (ESTER)


分子量: 172.265 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O2
Has protein modificationY
配列の詳細THE FAB LIGHT CHAIN (RESIDUES 1 - 214) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR L. THE FAB HEAVY CHAIN ...THE FAB LIGHT CHAIN (RESIDUES 1 - 214) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR L. THE FAB HEAVY CHAIN (RESIDUES 1 - 231) HAS BEEN ASSIGNED CHAIN INDICATOR H. THE FAB FRAGMENT IS NUMBERED BY THE CONVENTION OF E. KABAT (E.A. KABAT, T.T. WU, H.M. PERRY, K.S. GOTTESMAN, C. FOELLER SEQUENCES OF PROTEINS OF IMMUNOLOGICAL INTEREST, 5TH ED.,. (1991), NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH, BETHESDA, MD.).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 7.8 / 詳細: pH 7.8
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Chang, C.Y., (1994) J.Mol.Biol., 235, 372.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMimidazole-HCl1drop
28 mg/mlprotein1drop
34 Msodium formate1reservoir
41 mM1reservoirCuCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS-NICOLET X100 / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1993年1月1日 / 詳細: MIRROR (SUPPER 6 CM)
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.78→38.1 Å / Num. obs: 9937 / % possible obs: 73.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.78→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Rsym value: 0.151 / % possible all: 43.8
反射
*PLUS
Num. measured all: 23962 / Rmerge(I) obs: 0.07
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 43.8 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
XENGENデータ収集
XENGENデータ削減
X-PLOR精密化
XENGENデータスケーリング
精密化解像度: 2.8→8 Å / 交差検証法: EX POST FACTO / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 969 10 %
Rwork0.197 --
obs0.197 8858 70 %
原子変位パラメータBiso mean: 14.9 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3373 0 58 0 3431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.4
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 28 1.9 %
Rwork0.255 237 -
obs--18 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO (ENGH & HUBETOPHCSDX.PRO (ENGL & HUBER)
X-RAY DIFFRACTION2PARAM3_MOD.CHOTOPH3.CHO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.78 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg27.5
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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