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- PDB-1cfy: YEAST COFILIN, MONOCLINIC CRYSTAL FORM -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cfy
タイトルYEAST COFILIN, MONOCLINIC CRYSTAL FORM
要素COFILIN
キーワードACTIN-BINDING PROTEIN / ACTIN-BINDING / CYTOSKELETON
機能・相同性
機能・相同性情報


actin cortical patch / actin filament severing / actin filament depolymerization / Golgi to plasma membrane protein transport / actin filament organization / nuclear matrix / endocytosis / actin filament binding / actin cytoskeleton / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ADF/Cofilin / Actin-depolymerising factor homology domain / Cofilin/tropomyosin-type actin-binding protein / ADF-H domain profile. / Actin depolymerisation factor/cofilin -like domains / Severin / Severin / ADF-H/Gelsolin-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Drubin, D.G. / Almo, S.C.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1997
タイトル: Structure determination of yeast cofilin.
著者: Fedorov, A.A. / Lappalainen, P. / Fedorov, E.V. / Drubin, D.G. / Almo, S.C.
#1: ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 1995
タイトル: The Adf/Cofilin Proteins: Stimulus-Responsive Modulators of Actin Dynamics
著者: Moon, A. / Drubin, D.G.
履歴
登録1996年11月26日処理サイト: BNL
改定 1.01997年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COFILIN
B: COFILIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8392
ポリマ－31,8392
非ポリマー00
水1,00956
1
A: COFILIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9201
ポリマ－15,9201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: COFILIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9201
ポリマ－15,9201
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)152.089, 30.767, 105.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 133.15, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.185263, -0.000637, -0.982689), (-0.000349, 1, -0.000582), (0.982689, 0.000235, -0.185263)
ベクター: 85.4611, -0.9769, 12.0849)

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要素

#1: タンパク質 COFILIN


分子量: 15919.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03048
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化pH: 7.2 / 詳細: CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000 SOLUTION., pH 7.2
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
濃度: 20-30 % / 一般名: PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→21.6 Å / Num. obs: 13627 / % possible obs: 82.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 19.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1COF

1cof


解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.175 --
obs-12501 78.1 %
原子変位パラメータBiso mean: 30.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2114 0 0 56 2170
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0080.018
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0240.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0280.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it3.2981.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it5.1742
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it5.7972
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it8.7263
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1310.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.1890.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1740.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.32
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor16.810
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor14.510
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPH19.PEP
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOLTOPH19.SOL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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